Vanili organik biasanya mengacu pada kacang vanili yang ditanam menggunakan metode organik atau ekstrak vanila yang dibuat menggunakan kacang tersebut dan mempertahankan pedoman organik lebih lanjut. Sementara sebuah perusahaan berpotensi dapat mengklaim bahwa vanili ditanam secara organik, sebagian besar perusahaan memiliki vanili yang disertifikasi sebagai organik oleh lembaga pemerintah. Lembaga yang berbeda di negara yang berbeda menangani sertifikasi tersebut; di AS, Food and Drug Administration (FDA) biasanya menanganinya. Vanili organik biasanya harus ditanam tanpa menggunakan pupuk non-organik, dan penggunaan pestisida dan bahan kimia lainnya biasanya dilarang dalam penanaman dan pengolahan vanili tersebut.
Siapapun yang tertarik untuk membeli vanili organik, baik dalam bentuk kacang atau ekstrak, harus mempertimbangkan sertifikasi dari setiap perusahaan yang menjual vanili tersebut. Biji vanili dapat ditanam di berbagai negara di berbagai belahan dunia; perusahaan besar yang mendistribusikan biji atau ekstrak vanili sering menerima vanili dari berbagai pertanian kecil. Hal ini dapat membuat pengendalian dan pemantauan metode penanaman dan pemrosesan pertanian semacam itu menjadi sulit bagi banyak perusahaan. Karena perkebunan ini juga berlokasi di negara yang berbeda, beberapa lembaga pemerintah yang mengawasi sertifikasi vanili organik mungkin tidak ada di negara tersebut.
Ini berarti bahwa pemeriksaan yang tepat dari praktek pertanian untuk sertifikasi vanili organik mungkin cukup sulit, dan oleh karena itu harus berhati-hati oleh siapa pun yang ingin membeli vanili tersebut. Sebagian besar perusahaan memberikan informasi tentang bagaimana vanili yang dijual oleh mereka disertifikasi, termasuk jenis sertifikasi dan nama lembaga sertifikasi. Instansi pemerintah yang mengesahkan makanan organik, seperti FDA, sering memberikan informasi mengenai prosedur sertifikasi tersebut melalui Internet atau dengan menghubungi agen tersebut. Hal ini memungkinkan orang untuk lebih mudah membandingkan berbagai jenis vanila organik untuk memastikan bahwa vanila yang mereka beli memenuhi harapan mereka.
Vanili organik biasanya ditanam hanya dengan menggunakan produk organik dan tanpa penambahan bahan kimia atau pestisida yang keras. Pupuk mungkin tidak digunakan sama sekali untuk memproduksi produk organik, meskipun beberapa petani mungkin hanya menggunakan pupuk alami dan organik untuk memastikan pengelolaan lahan yang sehat tanpa memasukkan bahan kimia yang berpotensi berbahaya. Pestisida sering menjadi sumber utama kontroversi antara petani dan konsumen, dan sebagian besar petani organik tidak menggunakan pestisida atau hanya menggunakan pestisida organik yang mudah dibersihkan dari makanan. Biji vanili organik kemudian dikeringkan dan diproses tanpa aditif anorganik lainnya, dan ekstrak vanila yang dibuat secara organik hanya menggunakan alkohol organik untuk menghasilkan ekstrak.