Vaksin subunit adalah vaksin yang mengandung protein yang diisolasi dari virus, tetapi tidak memiliki asam nukleat virus. Vaksin ini memaparkan tubuh pada antigen sehingga dapat belajar mengenalinya tanpa memaparkan tubuh pada risiko replikasi virus dan infeksi berikutnya. Beberapa vaksin influenza tersedia dalam bentuk vaksin subunit dan banyak perusahaan obat sedang bekerja menerapkan teknologi untuk pengembangan jenis vaksin lainnya juga. Keuntungan utama menggunakan vaksin subunit adalah sangat aman, bahkan pada orang dengan sistem kekebalan yang lemah.
Untuk membuat vaksin subunit, perusahaan farmasi membuang semua hal kecuali protein yang terkait dengan antigen spesifik dan unik. Dengan penggunaan rekayasa genetika, organisme dapat dimanipulasi sehingga mereka akan mengekspresikan protein ini dalam jumlah besar untuk produksi vaksin. Vaksin subunit tidak virulen karena tidak mengandung materi genetik dari virus, hanya protein di bagian luar virus.
Ketika vaksin ini diberikan, sistem kekebalan belajar mengenali antigen dan mengembangkan antibodi spesifik. Ini memastikan bahwa ketika virus memasuki tubuh, sistem kekebalan akan mengidentifikasinya dan menargetkannya untuk dihancurkan sebelum memiliki kesempatan untuk mulai mereplikasi dan menyebabkan penyakit. Karena bahan dalam vaksin subunit tidak mampu mereplikasi, risiko reaksi merugikan sangat rendah dan vaksin aman untuk digunakan pada orang dengan sistem kekebalan yang buruk.
Satu masalah dengan teknik produksi vaksin subunit adalah kadang-kadang mengisolasi protein mendenaturasi mereka, menyebabkan mereka mengambil bentuk yang berbeda. Sistem kekebalan mengembangkan antibodi terhadap protein terdenaturasi, tetapi tidak akan mengenali protein virus in situ pada lapisan virus. Beberapa peneliti telah mengatasi masalah ini dengan membuat vaksin subunit rekombinan, di mana protein dari virus berbahaya digabungkan dengan virus jinak untuk dikirim dalam bentuk vaksin. Ini mencegah protein dari denaturasi dan mengajarkan sistem kekebalan untuk mengenali protein pada permukaan virus.
Mengisolasi protein spesifik memberikan peluang untuk memvaksinasi berbagai jenis virus, karakteristik penting untuk vaksin flu. Penelitian tentang vaksin untuk human immunodeficiency virus juga melibatkan pengembangan vaksin subunit yang dapat menggunakan protein spesifik untuk mengajari tubuh mengenali dan menghilangkan HIV tanpa membuat orang berisiko mengalami replikasi virus dan infeksi HIV.