Perangkat lunak akuntansi nirlaba mengacu pada perangkat lunak berbasis web atau desktop yang dapat digunakan organisasi nirlaba untuk mengelola urusan keuangan mereka. Beberapa fungsi termasuk kemampuan untuk mencatat dan melacak sumbangan, membayar tagihan, dan menghasilkan neraca dan laporan keuangan lainnya. Ada beberapa program perangkat lunak yang memungkinkan organisasi nirlaba memproses transaksi kartu debit tanpa memerlukan peralatan tambahan. Perusahaan sering menawarkan perangkat lunak yang berbeda sesuai dengan jumlah pengguna serta apakah itu akan digunakan di banyak lokasi. Misalnya, jika perangkat lunaknya berbasis web, maka organisasi nirlaba dapat membeli lisensi untuk setiap pengguna.
Aspek akuntansi dalam mengelola organisasi nirlaba sangat penting untuk tujuan hukum dan pajak. Pengumpulan sumbangan dan kontribusi publik pada tingkat tertentu seringkali tunduk pada undang-undang regional dan nasional. Pencatatan yang akurat seringkali penting jika ada audit dari badan penerimaan pajak pemerintah untuk membuktikan bahwa akuntansi dilakukan dengan benar dan sesuai dengan undang-undang yang berlaku. Perangkat lunak akuntansi nirlaba menyederhanakan tugas pencatatan dan dapat menjadi peluang terbaik organisasi untuk menjaga akuntansi keuangan yang akurat dan lengkap dari semua transaksi. Itulah alasan mengapa organisasi nirlaba sering memilih untuk menggunakannya daripada menggunakan spreadsheet atau kertas.
Fungsi utama dari beberapa perangkat lunak akuntansi nirlaba adalah manajemen penggajian. Karyawan organisasi menerima gaji secara teratur, dan akuntansi yang diperlukan untuk menghasilkan gaji akhir dan akurat yang sesuai dengan undang-undang perpajakan bisa sangat luas. Misalnya, organisasi nirlaba mungkin diminta untuk menahan bagian tertentu dari gaji untuk pajak daerah dan negara bagian dan membayar rencana kesehatan kelompok dan tunjangan lainnya. Perangkat lunak ini dapat digunakan untuk memproses penggajian lebih cepat dan seringkali lebih akurat daripada melakukan perhitungan untuk setiap gaji secara manual. Seringkali mungkin untuk mengajukan formulir laporan pajak yang diperlukan menggunakan perangkat lunak yang sama, dan membayar biaya satu kali untuk perangkat lunak atau biaya lisensi bulanan seringkali lebih murah daripada menyewa profesional pajak atau layanan penggajian untuk menyelesaikan tugas yang sama.
Mengelola keuangan yang terkait dengan kegiatan penggalangan dana terkadang dapat membebani individu yang ditugaskan untuk menanganinya atas nama organisasi nirlaba. Perangkat lunak akuntansi nirlaba dapat merampingkan proses perencanaan penggalangan dana serta mengatur akun pengeluaran dan donasi yang diperlukan untuk memproses transaksi. Beberapa perangkat lunak juga terintegrasi dengan web untuk menerima kontribusi dan secara otomatis memasukkannya ke dalam perangkat lunak.