Sistem tiga domain adalah metode untuk mengklasifikasikan kehidupan seluler yang awalnya diusulkan oleh Carl Woese pada tahun 1990. Sementara sistem tiga domain bertemu dengan beberapa pertentangan awal, sejak itu diterima secara luas, berkat penemuan ilmiah yang mendukung usulan Woese. . Di bawah sistem tiga domain, semua kehidupan seluler dapat dibagi menjadi tiga domain: Archaea, Bakteri, dan Eukariota, dan setiap domain dapat dibagi lagi menjadi kerajaan, filum, kelas, dan sebagainya.
Sistem klasifikasi ini membedakan antara organisme eukariotik, organisme yang memiliki sel yang memiliki nukleus, dan dua jenis organisme prokariotik, organisme dengan sel yang tidak memiliki nukleus. Awalnya, Archaea dan Bakteri sama-sama disatukan sebagai prokariota, meskipun masing-masing kelompok memiliki kerajaan sendiri. Woese berpendapat bahwa Archaea dan Bakteri sangat berbeda sehingga mereka sebenarnya termasuk dalam domain yang terpisah, bukan hanya kerajaan yang terpisah.
Perbedaan antara Archaea dan Bakteri terutama berkaitan dengan genetika yang kompleks. Ketika Woese pertama kali menerbitkan proposalnya, penelitian genetik tampaknya menunjukkan bahwa kedua kerajaan diturunkan dari nenek moyang yang sama, dan mereka cukup mirip sehingga tidak memerlukan domain terpisah. Akibatnya, sistem tiga domain pada awalnya dipandang dengan skeptis.
Namun, penelitian lebih lanjut menunjukkan bahwa Woese benar, dan bahwa organisme ini sangat berbeda secara genetik sehingga mereka membutuhkan domain mereka sendiri. Archaea dan Bakteri keduanya prokariotik, tetapi struktur seluler mereka sangat berbeda, dan mereka memiliki RNA ribosom yang sangat berbeda, menunjukkan bahwa domain ini menyimpang sejak lama, dan sebagian besar tidak terkait. Sistem tiga domain untuk mengklasifikasikan organisme tampaknya lebih akurat daripada sistem sebelumnya sekarang karena bukti untuk mendukungnya telah ditemukan.
Di dalam Archaea, hanya ada satu kerajaan, yang juga disebut Archaea. Domain Bakteri juga hanya menampung satu kerajaan, yang dikenal sebagai Bakteri. Eukariota dapat dibagi menjadi empat kerajaan: Hewan, Tumbuhan, Jamur, dan Protista. Di dalam setiap domain, terdapat keanekaragaman kehidupan yang sangat besar, mulai dari Archaea ekstremofilik yang tumbuh subur di lingkungan yang akan membunuh sebagian besar kehidupan lain di Bumi hingga anggrek tropis yang rapuh di kerajaan Tumbuhan.
Sistem ini sangat penting bagi orang yang mempelajari organisme prokariotik, karena sistem tiga domain menggarisbawahi perbedaan antara Bakteri dan Archaea. Para peneliti biasanya berspesialisasi dalam satu atau yang lain, menggunakan penelitian genetik untuk mempelajari lebih lanjut tentang organisme yang mereka pelajari. Beberapa orang masih menggunakan sistem dua kerajaan, yang membagi kehidupan seluler menjadi Prokariota dan Eukariota, dan kemudian menjadi kerajaan masing-masing, tetapi ini menjadi semakin langka.