Jalan spiritual Siddha Yoga pada dasarnya didasarkan pada filosofi yang berfokus pada batin yang dapat membawa seseorang lebih dekat kepada Tuhan. Ini sangat menarik dari Shaivisme Kashmir dan tradisi spiritual Hindu Vedanta. Siddha Yoga dihadirkan oleh para praktisinya sebagai spiritualitas individu yang sering berkembang dalam komunitas sesama penganut. Tergantung pada persepsi individu tentang organisasi, biasanya disebut sebagai gerakan keagamaan baru atau aliran sesat.
Siddha Yoga adalah kombinasi dari latihan sehari-hari dan ajaran yang diberikan oleh seorang guru. Ajaran tersebut mencakup instruksi tentang filosofi dasar penemuan diri, pelayanan kepada orang lain, dan kepatuhan pada tradisi kitab suci agama Hindu. Latihan meliputi meditasi, nyanyian, dan mendengarkan musik suci. Kegiatan ini biasanya dilakukan di pusat meditasi dan retret, meskipun beberapa kegiatan sehari-hari juga dapat dilakukan di rumah.
Seorang siswa yang baru mengenal Siddha Yoga biasanya akan diinisiasi secara spiritual dengan latihan yang dikenal sebagai shaktipat diksha. Ini adalah proses dimana guru menyambut siswa yang bersedia dengan gerakan simbolis seperti sentuhan, mantra, atau kata suci. Dengan cara ini, guru diyakini telah menembus dan memasuki jiwa siswa. Beberapa pengikut metode ini menggambarkan proses ini sebagai aura guru yang menyelimuti muridnya.
Swami Muktananda Paramahamsa mendirikan Siddha Yoga di India, di bawah bimbingan guru spiritualnya Bhagawan Nityananda. Dia akhirnya membuka beberapa pusat meditasi di seluruh dunia. Ada pusat di Jepang, Amerika Serikat, Inggris Raya, Australia, dan Prancis, di antara banyak negara lain. Gerakan ini cenderung berfokus pada ashram terbesar di New York dan Ganeshpuri, India. Setelah kematian Swami Muktananda pada tahun 1982, muridnya Gurumavi Chidvilasanada, yang awalnya dikenal sebagai Malti Shetty, mengambil alih kepemimpinan spiritual gerakan Siddha Yoga.
Ada kontroversi atas tindakan beberapa guru Yoga Siddha dan gerakan pada umumnya. William Rodarmor pada tahun 1983 dan Lis Harris pada tahun 1994 menimbulkan keraguan tentang praktik ini dalam beberapa artikel yang diterbitkan. Sejak tahun 1996, situs web Leaving Siddha Yoga juga mempertahankan suara yang sangat kritis tentang gerakan dan para pemimpinnya. Tuduhan terhadap gerakan tersebut termasuk pelecehan seksual, pengendalian pikiran, dan pertikaian yang mengganggu dan tidak pantas di antara para guru dan rekan-rekan mereka. Profil-profil positif dari gerakan ini juga terdapat dalam artikel-artikel di beberapa majalah populer.