Server perpesanan adalah aplikasi yang menangani pesan antara dua atau lebih aplikasi. Pesan-pesan ini diteruskan ke aplikasi middleware menggunakan API perpesanan (MAPI). Server olahpesan dapat menyimpan pesan dalam antrian hingga dapat dikirimkan ke aplikasi penerima.
Contoh khas dari aplikasi server pesan di banyak organisasi adalah Microsoft Exchange. Exchange duduk di server dan menunggu pesan dirutekan ke antriannya. Dari sana, middleware menentukan satu pesan pada satu waktu jika pesan akan dirutekan secara lokal atau jika perlu dikirim ke server pesan lain untuk pengiriman. Jika pesan tersebut milik penerima lokal, pesan akan segera dikirim ke kotak surat lokal. Jika pesan berada di penyimpanan pesan jarak jauh, server Exchange akan meminta server aplikasi lain di lingkungan, seperti DNS, untuk menemukan server tempat pesan berada.
Jika ada masalah konektivitas antara dua server pesan atau server pengirim tidak dapat menentukan lokasi server jauh, orang yang mengirim pesan mungkin mendapatkan pesan penundaan pengiriman kembali dari server mereka. Biasanya pesan ini akan memberi tahu individu tersebut bahwa server sedang mengalami kesulitan, tetapi server akan terus mencoba selama sejumlah upaya atau hari tertentu.
Ada jenis server perpesanan lain, atau server email, di luar sana. Beberapa, seperti Qmail, berjalan di sistem operasi linux dan membutuhkan lebih sedikit overhead dan administrasi daripada server Exchange. Ini membuatnya ideal untuk Penyedia Layanan Internet yang meng-host sejumlah besar akun email untuk pelanggan. Banyak bisnis menggunakan Microsoft Exchange untuk pengiriman pesan karena sangat andal dan bekerja dengan baik dengan produk Microsoft lain yang digunakan oleh bisnis.
Saat seseorang mengirim pesan, Outlook (atau klien perpesanan mereka) meneruskan pesan ke server perpesanan tempat pesan memasuki antrian pesan untuk menunggu giliran diproses. Jika ada banyak email yang melewati antrian, proses ini mungkin memakan sedikit waktu, meskipun biasanya transisi tidak terlihat oleh siapa pun. Saat pesan diproses, server pesan menentukan lokasi kotak surat penerima. Jika kotak surat lokal ke server itu, pesan segera dikirim ke tujuannya. Jika penerima tidak lokal ke server, DNS dihubungi untuk membantu menemukan server di Internet. Ketika server ditemukan, pesan email yang dikirim ditransfer ke server penerima di mana proses dimulai secara lokal dari antrian untuk menangani pesan. Setelah kotak surat yang benar ditemukan, pesan dikirim.