Sekuensing RNA adalah proses penentuan urutan nukleotida dalam untai asam ribonukleat, atau RNA. RNA terdiri dari empat nukleotida yang disebut adenin (A), guanin (G), sitosin (S), dan urasil (S). Urutan tertentu dari nukleotida adalah “kode” yang berisi informasi genetik yang digunakan untuk menghasilkan berbagai jenis protein atau untuk melayani beberapa fungsi tertentu sendiri. Kode genetik berupa urutan nukleotida mendefinisikan hampir setiap proses biologis yang melibatkan perkembangan dan fungsi suatu organisme. Pengurutan RNA, kemudian, adalah salah satu jenis penelitian yang bertujuan untuk menemukan sifat yang tepat dari kode genetik itu dan untuk menghubungkan kode tersebut dengan struktur dan fungsi tertentu dalam suatu organisme.
Para ilmuwan mengurutkan asam deoksiribonukleat, atau DNA, jauh lebih sering daripada mengurutkan RNA. DNA juga terdiri dari nukleotida, tetapi mereka disusun dalam heliks ganda. “Transkrip” RNA sebenarnya dibuat berdasarkan urutan nukleotida pada untai DNA — DNA cenderung lebih kuat daripada RNA karena banyak untai RNA harus dibuat dari satu urutan DNA. Selain itu, DNA mengandung “intron”, atau segmen DNA nonkode, yang diedit selama proses transkripsi dan, oleh karena itu, tidak terdeteksi oleh pengurutan RNA. Sekuensing RNA masih penting, meskipun dalam banyak kasus pertama-tama perlu “menerjemahkan-balik” RNA kembali ke DNA sebelum mengurutkannya.
Fakta bahwa urutan RNA tidak selalu sama dengan urutan DNA dari mana ia ditranskripsi adalah salah satu alasan utama bahwa para ilmuwan benar-benar melakukan percobaan sekuensing RNA. Pengurutan RNA memungkinkan para ilmuwan untuk menemukan bagian mana dari templat DNA yang diedit selama transkripsi. Mengetahui hal ini, mereka kemudian dapat memeriksa bagaimana dan mengapa urutan itu diedit. Salah satu masalah yang menarik dalam biologi adalah kenyataan bahwa banyak genom, atau penjumlahan informasi genetik dalam suatu organisme, tampaknya tidak digunakan. Mempelajari dengan tepat urutan mana yang digunakan dan mana yang tidak merupakan langkah penting dalam mengeksplorasi seluk-beluk segmen informasi genetik yang tidak digunakan ini.
Mengembangkan metode sekuensing RNA yang lebih efisien dan efektif merupakan fokus penting dari banyak peneliti di bidang bioteknologi. Para peneliti umumnya harus mentranskripsi balik RNA menjadi DNA sebelum benar-benar mengambil urutannya. Para peneliti ingin mengembangkan metode yang memungkinkan pengurutan langsung RNA yang efisien tanpa merusak untaian RNA. Selain itu, para peneliti ingin menemukan metode throughput tinggi yang memungkinkan mereka mengurutkan banyak untai RNA selama satu proses pengurutan RNA.