Sekuensing bisulfit adalah metode di mana berbagai daerah DNA dianalisis menggunakan metilasi. Metilasi adalah proses menambahkan molekul tertentu, yang disebut gugus metil, ke nukleotida, dalam hal ini biasanya sitosin. Nukleotida tidak aktif sering dimetilasi, sehingga metode ini dapat digunakan untuk berbagai tujuan, mulai dari menentukan daerah aktif genom hingga mengidentifikasi daerah kaya gen. Dalam sekuensing bisulfit, sitosin termetilasi tidak terpengaruh oleh proses sekuensing, sedangkan sitosin non-metilasi diubah menjadi urasil, nukleotida yang biasanya tidak ditemukan dalam materi genetik, asam deoksiribonukleat (DNA.)
Metode ini sangat sensitif terhadap perubahan metilasi, sehingga perubahan kecil dalam pengikatan dapat memberi peneliti informasi spesifik tentang nukleotida tertentu. Natrium bisulfit mengubah sitosin menjadi urasil, tetapi konversi terjadi di lingkungan di mana sitosin termetilasi tidak akan mengalami perubahan ini. Ketika sekuensing bisulfit selesai, DNA asli telah diubah menjadi molekul yang berbeda secara signifikan. Sitosin akan sangat terkuras atau berpotensi tidak ada. Jika sitosin masih ditemukan dalam molekul yang dikonversi ini, itu mewakili sitosin termetilasi alami dalam genom yang sedang dipertimbangkan.
Seperti semua protokol eksperimental, sekuensing bisulfit memiliki kelemahan. Kelemahannya yang paling signifikan adalah membutuhkan konsentrasi garam yang sangat tinggi agar dapat bekerja dengan baik. Garam mendorong anil DNA untai tunggal menjadi heliks ganda yang lebih alami, dan natrium bisulfit tidak selalu dapat mencapai sitosin ketika mereka menjadi bagian dari DNA untai ganda. Jika konsentrasi garam terlalu tinggi, sejumlah sitosin tidak dapat diubah menjadi urasil, yang mengakibatkan identifikasi salah sitosin termetilasi dalam genom. Agen denaturasi mungkin diperlukan untuk meminimalkan jumlah identifikasi positif palsu.
Data genom dalam jumlah besar tidak diperlukan untuk sekuensing bisulfit, sehingga metode ini memiliki aplikasi yang berguna untuk menganalisis sampel klinis. Sumber asam nukleat asli tidak masalah, tetapi sumbernya harus DNA. Secara teori, asam ribonukleat (RNA) dapat diurutkan menggunakan metode ini, karena sebagian besar RNA beruntai tunggal dan tidak akan rentan terhadap positif palsu karena nukleotida yang diblokir. Namun, ketika dipraktikkan, sekuensing bisulfit tidak berguna untuk RNA, karena RNA secara alami memiliki urasil di dalamnya. Tanpa semacam penandaan eksternal atau penambahan protokol, sitosin yang dikonversi tidak akan dapat dibedakan dari urasil alami.
Ketika melakukan semua jenis metodologi pengurutan, akurasi dan presisi sangat penting. Metode sensitif seperti sekuensing bisulfit menawarkan sarana analisis sekuens yang andal, yang pada gilirannya memungkinkan analisis gen dan identifikasi target obat dan terapi. Meskipun metode ini tidak dapat digunakan pada orang yang masih hidup, metode ini masih dapat sangat membantu dengan hanya sampel jaringan terkecil yang dapat digunakan.