Indera khusus adalah indera yang memiliki organ tertentu yang ditujukan untuk tujuan menerima input sensorik yang mengarah pada persepsi. Penglihatan, misalnya, merupakan indra khusus karena mata secara khusus dikhususkan untuk menerima masukan cahaya yang diubah menjadi informasi visual yang dapat dipahami di otak. Sentuhan, indra umum utama, tidak memiliki organ sensorik yang dikhususkan tetapi sebaliknya menafsirkan berbagai sinyal sensorik melalui reseptor di dalam dan di luar tubuh. Salah satu perbedaan utama antara indra umum dan khusus adalah mekanisme di mana data sensorik dikomunikasikan ke sistem saraf pusat.
Setiap indera khusus memiliki jalur sistem saraf khusus yang mengomunikasikan informasi sensorik yang relevan ke sistem saraf pusat. Aferen somatik khusus (SSA) adalah saraf yang didedikasikan untuk indera penglihatan, pendengaran, dan keseimbangan khusus. Secara khusus, saraf optik bertanggung jawab untuk indera penglihatan khusus sementara saraf vestibulocochlear bertanggung jawab untuk pendengaran dan keseimbangan. Aferen viseral khusus (SVA) bertanggung jawab untuk membawa data sensorik mengenai rasa dan bau. Saraf aferen khusus yang secara khusus berhubungan dengan rasa dan penciuman adalah saraf penciuman, wajah, glossopharyngeal, dan vagus.
Indera peraba secara umum, yang meliputi persepsi tekanan, getaran, nyeri, panas, dan lokasi relatif dari berbagai bagian tubuh, diatur oleh sistem somatosensori. Berbeda dengan jalur saraf spesifik yang menangani indera khusus, berbagai bentuk sentuhan ini diproses oleh sistem reseptor dan jalur saraf yang luas di seluruh tubuh. Reseptor ini sangat lazim di dalam kulit dan juga ditemukan di dalam otot, sendi, tulang, berbagai organ dalam, dan banyak lokasi lainnya. Indera peraba dirasakan dan diproses oleh berbagai organ dan jalur saraf dan tidak terikat pada satu organ sensorik, menandainya sebagai indra umum daripada indra khusus.
Organ indera khusus cenderung terbentuk selama tahap awal perkembangan embrio, tetapi perkembangan penuh dari beberapa organ indera ini membutuhkan waktu bertahun-tahun. Mata manusia, misalnya, terus tumbuh dan berkembang selama kira-kira delapan tahun pertama kehidupan seorang anak. Selain itu, bayi baru lahir cenderung hanya dapat merespons suara secara refleks, meskipun kapasitas pemahaman suara yang lebih kompleks berkembang dengan cepat. Indera perasa khusus, di sisi lain, paling tajam saat lahir tetapi cenderung berkurang di kemudian hari. Ini juga berlaku untuk bau.