Protein bakteri adalah protein yang merupakan bagian dari struktur bakteri, atau diproduksi oleh bakteri sebagai bagian dari siklus hidupnya. Protein adalah bagian penting dari semua organisme hidup, dan bakteri tidak terkecuali. Berkat fakta bahwa banyak bakteri mudah dibiakkan di laboratorium, banyak penelitian tentang protein bakteri telah dilakukan dengan tujuan untuk mempelajari lebih lanjut tentang protein spesifik dan fungsinya. Memahami protein bakteri penting karena bakteri memainkan peran yang sangat aktif dalam kesehatan manusia, dan karena informasi dapat diekstrapolasi untuk mengumpulkan lebih banyak data tentang protein yang terkait dengan organisme yang lebih besar, termasuk manusia.
Protein adalah rantai panjang asam amino yang dilipat kembali pada diri mereka sendiri. Sifat protein ditentukan oleh rantai asam amino dan cara protein dilipat. Protein dikodekan dalam gen, dengan protein tertentu diekspresikan saat organisme berkembang, dengan yang lain diproduksi oleh organisme dengan tujuan menyelesaikan tugas tertentu. Kode genetik suatu organisme memegang cetak biru untuk banyak protein.
Selain memiliki struktur yang unik, protein bakteri juga memiliki kemampuan untuk berikatan dengan protein lain. Pengikatan protein melibatkan pembentukan hubungan yang sangat kuat antara dua protein yang berbeda. Setelah protein mengikat, mereka dapat memicu reaksi yang dapat bervariasi dari respons sistem kekebalan terhadap infeksi hingga timbulnya penyakit. Seiring waktu, banyak bakteri telah berevolusi untuk menghasilkan protein yang menargetkan lokasi tertentu pada sel manusia dan hewan.
Protein bakteri menarik bagi manusia karena sejumlah alasan. Memahami protein mana yang terlibat dalam struktur bakteri tertentu dapat membantu peneliti mengembangkan obat yang mengidentifikasi dan menargetkan protein bakteri tertentu, memungkinkan para peneliti untuk membuat obat antibakteri yang menargetkan organisme tertentu. Memahami protein individu juga dapat memungkinkan peneliti untuk memantau mutasi dan melacak bagaimana mutasi ini terjadi, dan bagaimana mereka dapat ditangani.
Beberapa bakteri menghasilkan protein yang memiliki efek merusak pada tubuh manusia. Protein bakteri dapat bersifat racun, menyebabkan penyakit atau kematian pada organisme yang telah terinfeksi oleh bakteri tersebut, dan protein bakteri juga dapat berikatan dengan protein tertentu di dalam tubuh sehingga menimbulkan berbagai gejala. Para peneliti dapat menghabiskan waktu bertahun-tahun untuk mengidentifikasi semua protein yang terkait dengan satu jenis bakteri, dan proses ini dapat diperumit oleh mutasi yang cepat, seperti yang terlihat pada kasus bakteri Staphylococcus yang cerdik.