Prosesor biofuel adalah semua jenis peralatan — sering kali mirip dengan diam — yang mengubah biomassa menjadi bahan bakar melalui fermentasi. Sumber biofuel termasuk tanaman dan organisme sederhana seperti alga. Semua sumber bahan bakar potensial ini harus diolah dari bentuk aslinya jika ingin digunakan sebagai alternatif bahan bakar minyak bumi.
Keuntungan dari biofuel sering ditimbang oleh dampak dan biaya peralatan pengolahan. Misalnya, pengolah biofuel dapat mengubah jagung menjadi bahan bakar cair yang dikenal sebagai etanol, tetapi menanam jagung mungkin memerlukan sumber daya yang signifikan, termasuk energi. Ketika membutuhkan lebih banyak energi untuk memproduksi biofuel daripada yang dapat disediakan melalui penggunaannya, seringkali dalam mesin pembakaran, prosesor biofuel umumnya dianggap memiliki keseimbangan energi yang tidak efisien. Ketika biofuel menyediakan lebih banyak energi daripada biaya produksinya, di sisi lain, prosesor biofuel yang menciptakan biofuel dapat dianggap efisien.
Prosesor biofuel datang dalam berbagai model, karena membangun keseimbangan energi yang paling menguntungkan bisa menjadi tantangan. Prosesor biofuel yang kecil dan murah dapat menghasilkan bahan bakar yang murah dan mudah terbakar tetapi mungkin tidak memberikan kualitas yang sama dengan prosesor yang lebih mahal dan seringkali lebih rumit. Prosesor besar, seperti yang digunakan di pabrik biofuel, mungkin memerlukan lebih banyak energi untuk beroperasi dan, dengan demikian, mengurangi efisiensi biofuel yang dihasilkan. Namun, ada banyak desain prosesor biofuel yang menawarkan keseimbangan yang menguntungkan antara biaya energi dan produksi biofuel.
Banyak kelemahan biofuel terkait dengan keragaman prosesor dan sumber biofuel yang tersedia. Sumber-sumber ini sering menghasilkan keseimbangan energi yang berbeda dan mungkin memerlukan mesin yang sama sekali berbeda. Prosesor biofuel yang dibuat untuk tanaman yang hanya tumbuh di lingkungan tropis, misalnya, mungkin tidak menghasilkan keseimbangan energi yang baik saat merawat tanaman dari lingkungan gurun. Sumber biofuel yang sangat efisien — bahan yang bekerja dengan baik dengan jenis pengolah yang tepat — sering kali membutuhkan lahan pertanian dalam jumlah besar, yang dapat mengurangi jumlah lahan subur yang tersedia untuk petani pangan.
Terlepas dari tantangan dalam menciptakan prosesor biofuel yang efektif, biofuel masih dianggap sebagai sumber energi alternatif yang efektif untuk bahan bakar berbasis minyak bumi. Salah satu faktor pendukung konsep ini adalah berbagai sumber daya yang dapat diubah menjadi biofuel. Sumber yang mungkin termasuk minyak goreng bekas, ganggang hijau dan bahan tanaman seperti jagung. Sumber biofuel ini seringkali memiliki prosesor biofuel yang efektif.