Pergeseran antigenik adalah salah satu metode yang digunakan virus tertentu untuk berevolusi dan luput dari perhatian sistem kekebalan tubuh. Pergeseran antigenik terjadi ketika spesies inang baru terpapar strain virus yang belum pernah dilihat sebelumnya, melalui transmisi spesies ke spesies, dan melalui penyusunan kembali materi genetik. Sistem kekebalan inang baru tidak mengenali virus secara efisien karena antigen yang ada pada virus berbeda dari galur virus sebelumnya yang terpapar pada inang. Proses ini paling banyak dipelajari pada influenza, dan merupakan faktor penting dalam evolusi subtipe flu epidemik baru.
Pergeseran antigenik dapat dijelaskan dalam salah satu dari tiga cara. Dua virus yang menginfeksi sel yang sama dapat menghasilkan segmen gen yang bercampur untuk membentuk strain virus baru. Sebuah virus yang bersirkulasi dalam spesies tertentu dapat melompat langsung ke inang hewan baru. Sebagai alternatif, virus burung, misalnya, dapat melompat ke inang babi, dan kemudian ke inang manusia.
Virus influenza memiliki tiga jenis, A, B dan C. Dari jenis ini, hanya influenza A yang menyebabkan penyakit parah melalui infeksi di seluruh dunia. Influenza A memiliki dua set antigen utama, neuraminidase (N) dan haemagglutinin (H), di bagian luar kapsul virus. Ini adalah antigen yang dikenali dan digunakan oleh sistem kekebalan untuk menargetkan virus untuk dihancurkan. Seni virus dari antigenic shift berarti virus dapat bertukar di sekitar antigen ini selama replikasi untuk membentuk virus baru yang awalnya tidak dikenali oleh sistem kekebalan.
Misalnya, pandemi flu H2009N1 1 disebabkan oleh subtipe virus dengan antigen H1 dan N1. Kemungkinan besar virus flu ini berasal dari reassortment genetik dari dua virus flu babi yang berbeda dalam sel babi. Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS mengatakan flu baru ini juga memiliki gen dari jenis flu burung dan manusia, tetapi gen ini mungkin beredar di babi selama beberapa dekade sebelum pandemi sebagai akibat dari pergeseran antigenik sebelumnya. Setelah pergeseran antigenik pada babi melalui reassortment genetik, virus kemudian melompat untuk menginfeksi manusia.
Proses antigenic shift tidak boleh disamakan dengan metode lain yang digunakan virus untuk mengubah antigen yang disebut antigenic drift. Penyimpangan antigenik adalah mutasi bertahap gen flu yang sedikit mengubah produk gen. Penyimpangan antigen menyebabkan sedikit perbedaan dalam partikel virus yang juga dapat mengelabui sistem kekebalan agar tidak mengenali virus secara efisien.