Pengikatan peptida adalah ikatan amida antara polipeptida dan molekul protein dalam asam amino, juga dikenal sebagai rantai peptida. Ikatan kovalen adalah karakteristik pengikatan peptida dan sangat penting untuk sintesis peptida normal. Dengan kata lain, ikatan peptida menghubungkan asam amino dalam urutan tertentu yang menciptakan polimer protein dan mengarahkan pembentukan struktur tiga dimensi (3D yang unik. Tanpa ikatan peptida, reaksi penting yang melibatkan asam amino menjadi terhambat.
Dalam hal kimia molekuler, pengikatan dua atau lebih asam amino membentuk molekul peptida. Ikatan peptida terbentuk di mana molekul asam karboksilat bereaksi dengan gugus amino pada molekul asam amino berikutnya. Molekul yang dihasilkan adalah dipeptida — dua asam amino yang dihubungkan bersama oleh ikatan peptida. Ikatan peptida unik untuk gugus amino yang mereka hubungkan.
Proses sintesis peptida, atau sintesis protein, melibatkan pembentukan rantai peptida dan serangkaian reaksi biokimia dengan berbagai jenis molekul asam ribonukleat (RNA) — messenger, ribosomal dan transfer RNA — dan asam amino. Sintesis protein terjadi saat ribosom menerjemahkan messenger RNA (mRNA), dan ikatan peptida terbentuk antara dua molekul asam amino setelah translasi. Setiap kali ikatan peptida terjadi, asam amino baru ditambahkan ke apa yang disebut rantai polipeptida. Dalam beberapa keadaan, beberapa ribosom dapat menerjemahkan untai mRNA yang sama, yang menghasilkan ikatan peptida duplikasi dan, dengan demikian, menduplikasi rantai peptida.
Ketika sintesis protein selesai, rantai polipeptida dilepaskan oleh reaksi yang dikatalisis oleh enzim dan membentuk struktur 3D yang menjadi protein yang aktif secara biologis. Efektivitas beberapa antibiotik yang digunakan untuk mengobati infeksi bakteri didasarkan pada ikatan peptida selama sintesis protein. Dengan mengganggu pembentukan protein yang dibutuhkan oleh bakteri, antibiotik dapat menghentikan bakteri untuk berkembang biak.
Antibiotik yang menghambat ikatan peptida juga menghambat sintesis protein. Banyak antibiotik tidak dapat menargetkan sel yang tidak sehat secara spesifik, sehingga pada akhirnya mempengaruhi sel sehat selama proses tersebut, meskipun ada beberapa obat yang hanya bekerja pada sel bakteri dengan menargetkan ribosom bakteri. Mekanisme kerja antibiotik dapat mencegah transkripsi RNA atau pertumbuhan rantai peptida dengan menghambat pembentukan ikatan peptida. Mekanisme lain termasuk pengkodean protein yang tidak lengkap dan pencegahan RNA transkripsi (tRNA), yang semuanya bergantung pada pengikatan peptida yang dimediasi biokimia.
Kebutuhan akan perusahaan sintesis peptida muncul sebagai akibat permintaan dari tim penelitian dan pengembangan yang ditugaskan untuk pengembangan antibiotik baru. Layanan peptida dalam permintaan mencakup pengurutan khusus dengan spektrometri massa, atau pengembangan katalog peptida atau pustaka peptida. Beberapa dari penyedia layanan ini juga menyediakan peptida yang dimodifikasi dan bahan sintesis.