Pengikatan antigen-antibodi terjadi ketika antibodi tertarik dan menempel pada antigen. Saat menempel, antibodi menciptakan reaksi kimia yang pada akhirnya akan menyebabkan penghancuran antigen. Hanya antibodi spesifik yang dapat mengikat berbagai jenis antigen, meskipun antigen yang serupa dalam struktur dapat diserang oleh antibodi yang sama. Ikatan antara antigen dan antibodi bersifat reversibel, sehingga antibodi harus mencoba membuat beberapa koneksi ke antigen agar tetap terhubung sampai antigen tersebut dihilangkan.
Ada banyak jenis antigen, meskipun sebagian besar adalah antigen protein, yang dapat menarik antibodi. Banyak antigen, seperti virus dan bakteri, berbahaya, sementara yang lain, seperti serbuk sari atau alergen lain, tidak berbahaya. Antibodi yang terlibat dalam pengikatan antigen-antibodi dikenal sebagai imunoglobulin. Ini adalah molekul yang diproduksi oleh sistem kekebalan suatu organisme untuk menghancurkan benda asing.
Imunoglobulin dapat memiliki afinitas tinggi atau rendah untuk antigen tertentu. Ketika tingkat afinitas tinggi, ikatan antigen-antibodi kuat. Hubungan kuat antara imunoglobulin dan antigen ini memungkinkan imunoglobulin memicu serangkaian reaksi kimia yang akhirnya memecah dan menghancurkan antigen.
Bahkan jika afinitas antibodi terhadap antigen sangat tinggi, pengikatan antigen-antibodi tidak permanen. Ada kemungkinan antigen memutuskan hubungan dengan antibodi sebagai pertahanan terhadap serangannya. Untuk mengatasi ini, antibodi harus berusaha untuk mengikat antigen melalui sejumlah koneksi yang berbeda.
Pengikatan antigen-antibodi biasanya bergantung pada penggunaan muatan listrik yang lemah untuk menarik antigen dan antibodi bersama-sama. Afinitas elektron di satu sisi ikatan dan sedikit muatan negatif di sisi lain adalah penyebab paling umum untuk pengikatan kedua jenis molekul ini. Jenis ikatan yang menyatukan molekul dapat berupa ikatan hidrofobik, elektrostatik, atau hidrogen atau gaya Van der Waals.
Semua pengikatan antigen-antibodi adalah non-kovalen, yang berarti bahwa mereka tidak berbagi elektron. Mereka tetap molekul diskrit bahkan ketika mereka terikat bersama. Ini berarti bahwa ketika mereka terpisah, masing-masing utuh.