Pengikatan antibodi terjadi selama respons imun antara antibodi dan antigen spesifik. Antigen adalah setiap sel atau molekul yang dikenali oleh tubuh sebagai benda asing, atau bukan milik diri sendiri. Antigen dapat mengambil banyak bentuk berbeda dari organisme penyebab penyakit, seperti bakteri dan virus, hingga molekul beracun atau molekul penghasil alergi, alergen. Kehadiran antigen di dalam tubuh merangsang sel-sel sistem kekebalan, termasuk yang memproduksi dan mengeluarkan antibodi.
Antibodi adalah protein yang memiliki struktur dasar yang khas. Mereka terdiri dari empat rantai polipeptida yang disatukan oleh jembatan disulfida, yang merupakan ikatan yang terbentuk antara atom belerang. Setiap antibodi memiliki dua rantai panjang atau berat dan dua rantai pendek atau ringan. Setiap rantai ringan ditemukan di ujung salah satu rantai berat. Keempat rantai disatukan dalam bentuk Y, yang memungkinkan fleksibilitas sehingga pengikatan antibodi dapat terjadi.
Setiap antibodi spesifik untuk antigen tertentu. Spesifisitas antibodi ditentukan oleh situs pengikatan antigen yang ditemukan di ujung setiap rantai ringan. Urutan asam amino yang ditemukan di ujung setiap rantai ringan membentuk bentuk tiga dimensi yang melengkapi bentuk antigen. Karena ada dua rantai ringan untuk setiap antibodi, ada dua situs pengikatan antigen, sehingga setiap antibodi dapat mengikat dua antigen.
Ada lima kelas antibodi yang berbeda. Karena mereka semua adalah protein globular yang diproduksi sebagai bagian dari respon imun, mereka disebut imunoglobulin, dengan masing-masing kelas ditunjuk dengan huruf, G, M, A, D dan E. Sementara semua imunoglobulin memiliki struktur dasar yang sama, kelas yang berbeda adalah berdasarkan perbedaan rantai berat. Ada banyak antibodi yang berbeda dalam setiap kelas dengan pengikatan antibodi spesifik yang terjadi antara molekul spesifik dan antigen komplementernya.
Masing-masing kelas antibodi yang berbeda mengikat berbagai jenis antigen dan memiliki peran berbeda dalam sistem kekebalan. Misalnya, imunoglobulin G, IgG, dapat mengikat dua antigen, merangsang sel lain dalam sistem kekebalan dan dapat menyebabkan aglutinasi. Aglutinasi terjadi ketika pengikatan antibodi terjadi antara banyak antibodi dan antigen. Ini dapat terjadi ketika antigen juga memiliki lebih dari satu situs pengikatan, yang memungkinkannya untuk mengikat lebih dari satu antibodi. Karena semakin banyak antibodi dan antigen mengikat bersama, mereka membentuk gumpalan, atau aglutinasi, yang membantu penghancuran sel dengan antigen.