Di yurisdiksi yang memungut pajak penjualan, otoritas perpajakan biasanya memiliki hak untuk mengaudit bisnis untuk memastikan bahwa semua pajak penjualan yang terutang telah dibayar dengan benar. Audit pajak penjualan adalah proses di mana pejabat perpajakan memeriksa akuntansi perusahaan untuk memastikan apakah ada pajak terutang. Terkadang audit dilakukan dalam kasus dugaan penyalahgunaan, tetapi sebagian besar waktu, audit dilakukan secara acak. Sebuah bisnis yang diaudit biasanya diharuskan oleh hukum untuk menyerahkan semua catatan dan buku rekening kepada pemeriksa, dan jika ditemukan kesalahan, biasanya harus membayar dengan penalti.
Pajak penjualan merupakan aliran pendapatan penting bagi negara bagian dan negara yang memungutnya. Negara-negara kecil, khususnya di Eropa, menilai pajak penjualan di tingkat nasional. Di Amerika Serikat, pajak penjualan adalah masalah perpajakan negara bagian. Tidak semua negara bagian menilai pajak penjualan, dan mereka yang memiliki tarif dan aturan berbeda. Di semua tempat, proses audit adalah salah satu cara paling umum bagi agen pajak pemerintah untuk menentukan apakah aturan remisi pajak daerah dipatuhi.
Aturan untuk jenis catatan pajak apa yang harus disimpan oleh perusahaan berbeda-beda menurut yurisdiksi, dan hal spesifik tentang apa yang terjadi selama audit pajak penjualan juga berlaku. Secara umum, agen perpajakan akan memilih bisnis yang akan diaudit secara acak. Kemudian akan menghubungi bisnis tersebut, dan menyarankan mereka untuk siap dengan catatan mereka pada tanggal tertentu.
Prosedur audit pajak penjualan berpusat pada pemeriksaan catatan. Di sebagian besar tempat, bisnis harus mengajukan catatan pajak mereka sendiri kepada pemerintah, dan dalam catatan tersebut harus mengungkapkan berapa banyak penjualan yang menghasilkan pajak penjualan yang dilakukan. Terkadang, bisnis dapat menggunakan dokumen pengembalian pajak untuk mengklaim pengecualian dan pengurangan tertentu atas pajak yang terutang. Audit dimulai dengan catatan pajak pada file. Agen pajak mencari, pertama dan terutama, bukti bahwa catatan yang diajukan sendiri itu mencerminkan informasi keuangan yang akurat.
Bisnis diwajibkan oleh undang-undang di sebagian besar yurisdiksi untuk menyimpan catatan semua transaksi mereka, mencatat kapan pajak penjualan dikumpulkan dan berapa banyak dari hasil pajak penjualan tersebut dikirim ke pemerintah. Sering kali, mereka diminta untuk menyimpan catatan tersebut saat ini untuk jangka waktu bertahun-tahun. Selama audit pajak penjualan, auditor akan memeriksa catatan yang disimpan bisnis di samping dokumen pengembalian pajak yang diajukan sendiri oleh bisnis. Jika auditor menemukan ketidaksesuaian, atau jika ia menentukan bahwa pajak dikumpulkan secara tidak benar atau tidak akurat, ia dapat mendenda perusahaan untuk pajak yang terutang ditambah denda.
Auditor juga dapat menemukan, bagaimanapun, bahwa perusahaan telah membayar terlalu banyak pajak penjualan selama bertahun-tahun. Jika hal ini terjadi, perusahaan dapat mengajukan pengembalian dana pemerintah untuk menutup kelebihannya. Beberapa perusahaan akan secara rutin mengaudit pembukuan mereka sendiri untuk memeriksa kelebihan pembayaran. Ini dikenal sebagai audit pengembalian dana atau audit pajak penjualan terbalik.
Biasanya tidak ada persyaratan bahwa bisnis yang diaudit memiliki penasihat hukum atau bantuan akuntansi dari luar, meskipun banyak bisnis, terutama bisnis kecil, memilih untuk tetap melakukannya. Mempekerjakan konsultan audit luar untuk menangani audit dan berurusan dengan auditor dapat menjadi cara bagi pemilik bisnis untuk terus menjalankan bisnis mereka tanpa stres audit menghabiskan waktu dan energi mereka. Banyak konsultan audit memiliki keahlian dalam mengelola jenis audit tertentu, dan mencari hasil yang adil. Mengalihdayakan audit pajak penjualan bisa mahal, tetapi tergantung pada situasinya, itu mungkin sepadan dengan investasinya.