Papan sirkuit khusus adalah papan yang menampung komponen elektronik dan disesuaikan untuk orang atau bisnis tertentu. Tergantung pada komponen kustom mana yang digunakan, papan sirkuit kustom mungkin tidak cocok untuk tujuan umum. Perangkat lunak yang diperlukan untuk merancang jenis papan sirkuit ini biasanya dipasok ke pengguna dengan sedikit atau tanpa biaya, mulai tahun 2011. Sebagian besar produsen papan sirkuit juga mengizinkan pengguna untuk membeli beberapa papan prototipe, atau mereka dapat diproduksi secara massal.
Perbedaan antara papan sirkuit khusus dan papan sirkuit biasa bisa kecil atau besar, tergantung pada kebutuhan pengguna. Dalam arti luas, satu-satunya perbedaan utama adalah bahwa pengguna merakit bagian-bagian dengan cara yang paling sesuai dengan kebutuhannya, daripada mengandalkan papan generik yang dijual di pasar terbuka. Keduanya agak umum, meskipun pengembang perangkat keras mungkin lebih sering menggunakan papan khusus karena ini memungkinkan pengguna untuk membuat papan yang bekerja lebih baik dengan perangkat keras khusus.
Papan sirkuit khusus mungkin berguna atau tidak untuk fungsi umum, berdasarkan cara pembuatannya. Jika perancang membuat papan sirkuit khusus yang mirip dengan papan generik, dengan hanya menggunakan beberapa bagian berbeda yang dioptimalkan untuk proses tertentu, maka seharusnya tidak ada masalah untuk mengganti papan untuk digunakan dalam tujuan lain. Pengguna juga dapat sepenuhnya mengoptimalkan papan untuk satu proses, yang mengurangi keserbagunaannya tetapi dapat menjadikannya papan terbaik untuk satu proses itu.
Perangkat lunak umumnya diperlukan jika seseorang ingin mendesain papan sirkuit khusus, dan perangkat lunak ini umumnya tidak mahal, jika tidak gratis. Jenis program ini memungkinkan pengguna untuk memilih bagian untuk papan dan menentukan posisi bagian tersebut. Pengkabelan dan kontak juga dapat diposisikan melalui perangkat lunak ini, memungkinkan perancang untuk membuat semua tingkat papan sirkuit sebelum diproduksi.
Proses produksi untuk papan sirkuit khusus dapat dilakukan dalam berbagai tingkat. Jika pengguna hanya membutuhkan beberapa papan, maka ini biasanya dianggap sebagai produksi prototipe. Ketika banyak papan kustom diperlukan — ini biasanya ditentukan lebih dari 1,000 dan kurang dari 5,000, tergantung pada pabrikannya — maka itu dianggap sebagai produksi penuh. Selain harga, yang turun per papan jika lebih banyak papan diproduksi, ada sedikit perbedaan antara keduanya.