Muffin keju adalah jenis makanan panggang yang disiapkan dalam porsi individu dan dimakan untuk sarapan, dengan teh, sebagai camilan, dengan makan malam, atau untuk pencuci mulut. Beberapa jenis keju digabungkan dengan bahan lain untuk membuat muffin yang gurih. Keju yang digunakan dalam muffin keju bisa jenis apa saja, tetapi umumnya cheddar, membuat muffin dengan keju yang tercampur di seluruh muffin. Jenis muffin keju lainnya memegang keju di tengah muffin. Krim keju umumnya digunakan untuk jenis muffin isi ini.
Muffin keju, seperti semua jenis muffin, dibuat dengan beberapa jenis tepung. Bisa berupa tepung serbaguna, tepung terigu, atau kombinasi keduanya. Soda kue atau baking powder menyebabkan muffin sedikit naik. Jumlah gula yang digunakan bervariasi, tergantung pada muffin keju yang manis atau gurih. Telur menyatukan bahan-bahannya.
Beberapa jenis mentega, minyak, krim asam, atau shortening umumnya digunakan. Mentega atau mentega dalam jumlah besar memastikan muffin akan lembap. Salah satu kekurangannya adalah muffin biasanya memiliki kandungan lemak yang tinggi, meskipun krim asam tanpa lemak dapat menggantikan mentega atau minyak.
Umumnya, muffin keju menggabungkan cheddar, atau jenis keju keras lainnya, ke dalam muffin biasa yang polos. Bahan-bahan lain yang melengkapi keju dapat dimasukkan. Muffin jagung dan keju dapat disiapkan dengan campuran muffin jagung kemasan, keju cottage, dan keju cheddar untuk menghasilkan kombinasi rasa yang menarik. Muffin bacon dan keju sangat cocok untuk sarapan. Keju Parmigiano-Reggiano menghasilkan muffin gurih yang cocok dengan makan malam atau sup, atau sebagai camilan.
Muffin keju krim adalah muffin gurih yang seperti kue mangkuk, meski tidak semanis kue. Muffin jenis ini dapat dibuat dengan lebih banyak gula daripada muffin gurih atau polos. Krim keju dicampur dengan gula halus dan diletakkan di tengah muffin. Topping dapat dibuat dengan memotong mentega dingin menjadi campuran tepung dan gula, menggunakan pemotong kue, garpu, atau dua pisau.
Loyang muffin adalah nampan kue dengan wadah tersendiri untuk muffin atau cupcake. Ukuran muffin dapat bervariasi, tetapi dapat dipegang dengan satu tangan. Baki muffin harus diolesi mentega atau semprotan anti lengket sebelum memasukkan adonan ke dalam loyang. Cupcake liner juga dapat digunakan, meskipun muffin keju cenderung menempel pada kertas.