Microarray jaringan, juga disebut sebagai TMA, adalah pilihan inti jaringan yang disiapkan dalam blok parafin dan diatur dalam susunan yang tepat. Bagian histologis susunan dapat dipotong dari blok parafin, menghasilkan irisan tipis susunan jaringan yang disiapkan parafin yang dapat ditempatkan pada slide mikroskop biasa. Microarray jaringan digunakan untuk melakukan berbagai macam tes pada banyak sampel jaringan yang terdapat pada slide mikroskop tunggal, memungkinkan kecepatan dan presisi yang tinggi dalam eksperimen. Para ilmuwan, misalnya, sering menggunakan microarray jaringan untuk menentukan ekspresi gen dalam jaringan normal dan patologis untuk menggunakan genetika untuk mendiagnosis berbagai penyakit.
Banyak laboratorium yang berbeda, sebagian besar dalam penelitian biologi dan kesehatan, menggunakan microarray jaringan untuk meningkatkan efisiensi dan presisi yang dapat digunakan untuk menjalankan berbagai eksperimen pada sampel jaringan. Imunohistokimia, misalnya, adalah proses di mana agen fluoresen yang melekat pada antibodi yang terkena sampel jaringan pada microarray. Antibodi mengikat antigen spesifik pada sampel jaringan dan peneliti dapat mengidentifikasi ikatan ini karena agen fluoresen. Antibodi spesifik tertentu mengikat antigen spesifik, sehingga tingkat pengikatan dapat memberikan banyak informasi tentang antigen yang terkandung dalam sampel jaringan tertentu. Antigen yang berbeda mungkin ada pada sel normal atau patologis; memahami perbedaan dapat memungkinkan diagnosis penyakit yang akurat dan bahkan dapat memberikan informasi yang dapat digunakan untuk menemukan obat untuk berbagai penyakit.
Teknik serupa yang biasa diterapkan pada microarray jaringan disebut hibridisasi in situ Fluorescent, atau FISH. Dalam IKAN, probe fluoresen mengikat bagian tertentu dari kromosom dan dapat digunakan untuk menemukan informasi tentang susunan genetik individu. Metode ini, misalnya, dapat digunakan untuk mengidentifikasi penanda genetik berbagai penyakit. Baik metode FISH maupun imunohistokimia biasanya digunakan untuk mendiagnosis dan mengidentifikasi pengobatan untuk kanker.
Sampel jaringan mungkin sulit diperoleh dalam jumlah yang signifikan, dan microarray jaringan cenderung memakan waktu cukup lama untuk disiapkan, jadi peneliti harus memastikan sampelnya tetap utuh dan susunan disiapkan dengan benar. Jaringan, misalnya, harus cepat diproses dalam parafin untuk mencegah pembusukan. Beberapa peneliti memilih untuk membeli microarray jaringan yang sudah jadi daripada memproduksi sendiri untuk menghindari kesalahan saat menyiapkan microarray jaringan mereka sendiri. Pertimbangan lain adalah jumlah sampel yang akan ditempatkan pada satu slide. Beberapa ratus inti jaringan dapat ditempatkan pada satu slide, tetapi mungkin sulit untuk melacak dan bereksperimen secara tepat pada banyak sampel kecil itu.