Magnetometer proton atau magnetometer presesi proton adalah perangkat yang dapat mengukur variasi medan magnet dengan mendeteksi aktivitas dalam proton. Perangkat ini digunakan dalam sejumlah aplikasi di Bumi dan juga dalam eksplorasi ruang angkasa. Menggunakan magnetometer proton, bahan besi dapat diidentifikasi, karena mempengaruhi medan magnet di sekitarnya, yang pada gilirannya memicu magnetometer proton yang sensitif. Perangkat tersebut dapat dihubungkan ke magnetograf yang memberikan keluaran tercetak dari variasi medan magnet yang sedang dipelajari.
Salah satu penerapan magnetometer proton adalah dalam bidang arkeologi. Bahan besi telah dimanfaatkan oleh banyak masyarakat manusia sepanjang sejarah, dan situs arkeologi dapat diidentifikasi dengan mencari bahan tersebut. Aktivitas manusia yang mungkin tidak langsung diasosiasikan orang dengan bahan besi seperti mengembangkan glasir tembikar dan pertanian juga dapat menghasilkan variasi medan magnet Bumi yang bertindak sebagai tanda-tanda aktivitas manusia.
Perangkat ini juga digunakan dalam eksplorasi mineral untuk mengidentifikasi situs yang menarik. Bahan besi sendiri dapat berharga, dan mereka juga dapat dikaitkan dengan bahan lain yang mungkin menarik bagi perusahaan yang terlibat dalam kegiatan pertambangan mineral. Dalam hal ini, magnetometer proton dapat digunakan untuk mengurangi dugaan yang terlibat dalam eksplorasi situs yang diyakini mengandung bahan yang menarik.
Kapal dapat dilengkapi dengan magnetometer proton untuk tujuan keselamatan navigasi, karena kemungkinan bertabrakan dengan bangkai kapal dan benda besi lainnya dan menimbulkan kerusakan. Orang-orang yang mencoba menemukan bangkai kapal untuk penyelamatan, penyelaman rekreasi, dan aktivitas lainnya juga menggunakan perangkat ini dalam pekerjaan mereka. Tingkat kecanggihan perangkat bervariasi, tergantung pada penggunaan yang telah dirancang. Versi yang sangat sensitif bisa sangat mahal, mencerminkan rekayasa yang lebih kompleks yang terlibat dalam pengembangannya.
Bumi bukan satu-satunya tempat di mana magnetometer proton dapat berguna. Pesawat ruang angkasa seperti probe sering dilengkapi dengan magnetometer proton sehingga mereka dapat mengumpulkan data tentang planet dan formasi lain yang mereka lewati. Informasi ini dapat digabungkan dengan informasi lain yang dikumpulkan oleh pesawat ruang angkasa untuk memberi peneliti lebih banyak informasi tentang objek di luar angkasa dan sejarah luar angkasa. Komposisi tanah dan atmosfer juga menjadi topik yang menarik di antara para peneliti yang tertarik pada kemungkinan mengidentifikasi kehidupan di sudut lain alam semesta.