Konjugat antibodi adalah molekul penanda yang dapat digunakan dalam uji deteksi antigen secara histologis atau enzimatik untuk melokalisasi antibodi yang terikat. Ini berfungsi dengan melekat secara fisik, atau terkonjugasi, ke antibodi yang digunakan untuk menandai antigen yang diinginkan. Antibodi yang ditandai pada konjugat antibodi adalah alat yang sering digunakan dalam penelitian untuk mengidentifikasi lokasi yang tepat atau jumlah protein atau antigen yang diinginkan, yang digunakan untuk melawan antibodi atau antibodi tersebut.
Tes histologis dan proteomik sering mengandalkan antibodi sebagai reagen dalam teknik penelitian di mana protein tertentu dapat diberi label. Dengan memaparkan antigen atau protein yang menarik ke antibodi yang dimunculkan untuk melawannya, antigen atau protein dapat ditandai. Dengan menggunakan konjugat antibodi — yaitu antibodi yang telah terkonjugasi ke molekul yang secara khusus digunakan atau disintesis agar mudah dideteksi — antibodi pada antigen masing-masing kemudian dapat diidentifikasi dan diuji. Jenis konjugat antibodi yang paling umum adalah molekul fluoresen, memungkinkan identifikasi antigen dalam jaringan di bawah mikroskop fluoresen. Konjugat lainnya termasuk molekul seperti peroksidase lobak kuda, yang digunakan dalam konjugasi dengan antibodi untuk pengembangan selanjutnya dengan diaminobenzidine (DAB).
Seringkali antibodi primer akan dibangkitkan melawan antigen spesifik, sedangkan antibodi sekunder akan dikonjugasikan ke molekul penanda dan dibangkitkan melawan antibodi primer. Sebagai contoh, seseorang mungkin tertarik untuk mengidentifikasi antigen yang disebut Antigen X. Kemudian, seseorang akan menggunakan, misalnya, antibodi yang dibesarkan pada tikus yang bereaksi dan menempel pada Antigen X. Untuk dapat menemukan di mana antibodi tikus primer ini ditemukan dan terikat pada molekul Antigen X ini, antibodi sekunder kemudian akan digunakan — misalnya, yang dibesarkan dalam kambing — yang akan ditandai dengan konjugat yang membuat antibodi sekunder ini dapat dideteksi baik dalam uji mikroskopis enzimatik atau fluoresen. Untuk pengujian dalam melokalisasi antigen menggunakan mikroskop elektron, partikel emas sering digunakan sebagai konjugat antibodi karena dapat dideteksi menggunakan berkas elektron.
Alasan penggunaan antibodi primer dan sekunder, daripada menggunakan konjugasi antibodi di mana antibodi primer terkonjugasi secara langsung, adalah karena efektivitas biaya. Konjugasi antibodi mahal dalam hal waktu dan reagen. Khusus untuk antigen yang tidak umum, konjugasi antibodi pada antibodi primer tidak sebanding dengan biaya produksinya. Sebaliknya, dengan menggunakan konjugasi antibodi pada antibodi sekunder, sejumlah besar antibodi terkonjugasi dapat disintesis sekaligus dan digunakan dalam pengujian dengan berbagai antibodi primer yang disesuaikan untuk melokalisasi banyak antigen berbeda, membuat proses produksi bermanfaat dan hemat biaya.
Namun, dalam beberapa kasus, antibodi primer akan ditandai untuk mengurangi noise dalam sinyal deteksi karena peningkatan ikatan antibodi non-spesifik yang dihasilkan dari penggunaan banyak antibodi. Meskipun pengujian yang mahal dan sangat sensitif ini masih memerlukan metode ini. Dimungkinkan untuk membeli kit yang memungkinkan peneliti untuk menandai konjugat pada antibodi pilihan mereka sendiri, meningkatkan biaya reagen, tetapi mengurangi langkah-langkah protokol dan mungkin meningkatkan rasio signal-to-noise dalam uji deteksi antibodi akhir.