Di bidang genetika, genetika populasi mempelajari seberapa sering salinan gen tertentu — atau alel — muncul dan bagaimana mereka berinteraksi dengan alel lain dari gen lain. Ini juga melihat bagaimana proses evolusi seperti seleksi alam dan mutasi mempengaruhi alel. Distribusi alel dapat bersifat independen dari alel lain di lokasi yang berbeda, atau mungkin dipengaruhi oleh alel lain. Ketika distribusi alel, atau alel, tidak independen dari alel lain, itu disebut ketidakseimbangan linkage.
Evolusi suatu organisme terjadi melalui variasi genetik. Kombinasi gen yang berbeda, dan kombinasi alel yang berbeda dari gen yang berbeda, menyebabkan fenotipe organisme yang berbeda. Ini berarti bahwa variasi genetik menghasilkan organisme dari spesies yang serupa tetapi dapat terlihat berbeda dan berfungsi secara berbeda. Variasi genetik dapat membuat suatu organisme kurang lebih berhasil dalam hal kelangsungan hidup dan reproduksi. Teori seleksi alam menyatakan bahwa evolusi terjadi melalui survival of the fittest, atau kelangsungan hidup mereka yang lebih berhasil mewariskan gen mereka.
Gen bukanlah unit independen yang diturunkan dengan sendirinya kepada keturunannya. Sebaliknya, gen dipengaruhi oleh lingkungan dan juga oleh gen lain. Koadaptasi genetik adalah istilah yang digunakan untuk merujuk pada seberapa baik gen berinteraksi dengan gen lain. Seleksi alam menyukai alel yang berinteraksi dengan baik dengan alel gen lain di lokasi berbeda dalam DNA. Koadaptasi genetik dapat terjadi antara alel dari beberapa gen tetapi tidak yang lain.
Misalnya, gen A dan gen B masing-masing memiliki dua alel, yaitu A1 dan A2 serta B1 dan B2. Jika suatu organisme mewarisi A1 dan B1 atau A2 dan B2, dalam contoh ini dapat dianggap lebih baik beradaptasi untuk bertahan hidup daripada jika mewarisi A1 dan B2 atau A2 dan B1. Ini berarti bahwa melalui seleksi alam, kombinasi genetik A1B1 dan A2B2 akan lebih disukai karena organisme dengan alel ini lebih mungkin untuk bertahan hidup dan bereproduksi. Dengan demikian, alel-alel ini dikatakan berada dalam ketidakseimbangan hubungan karena mereka tidak akan diturunkan secara acak kepada keturunannya, tetapi sebaliknya, pasangan tertentu lebih disukai.
Ketidakseimbangan linkage diukur dengan membandingkan frekuensi alel dalam suatu populasi, tetapi tidak permanen. Perkawinan acak antara organisme dapat menyebabkan penurunan terjadinya alel terkait. Ketidakseimbangan hubungan permanen dapat terjadi jika satu kombinasi menghasilkan tingkat kebugaran yang lebih tinggi dari suatu organisme, seperti ketika kombinasi lainnya menghasilkan mutasi mematikan pada zigot. Semakin jauh lokasi alel, semakin sulit untuk mempertahankan ketidakseimbangan hubungan.