Istilah mikroskop digital dapat merujuk pada dua pengaturan yang berbeda. Ini bisa berupa mikroskop optik dengan kamera video atau kamera digital terpasang atau mikroskop dengan kamera terintegrasi. Dalam kedua kasus tersebut, ia mampu menampilkan tampilan apa yang ada di atas panggung sebagai gambar digital, dan dalam kedua kasus tersebut, kamera dapat disebut sebagai kamera mikroskop digital. Kamera mikroskop digital yang dipasang pada mikroskop optik memiliki kelemahan lensa yang dirancang untuk mata manusia, daripada kamera, sehingga kualitas gambar mungkin lebih rendah daripada yang diperoleh dengan model terintegrasi. Di sisi lain, beberapa model terintegrasi tidak memiliki lensa okuler dan bergantung pada pembesaran dari monitor.
Sebuah kamera mikroskop digital memungkinkan sejumlah kemungkinan tidak tersedia dengan mikroskop yang tidak memiliki kamera seperti itu. Hal ini memungkinkan gambar untuk disimpan untuk pencatatan, dikirim melalui Internet, atau dimasukkan ke dalam dokumen. Gambar yang diproyeksikan memungkinkan untuk dipelajari jauh dari mikroskop dan berbagi gambar dengan orang lain — misalnya, sekelompok siswa atau kolega, dan pembesaran juga dapat mengarah pada pemahaman data yang lebih baik. Dengan kamera video, kemampuan untuk merekam dan berbagi pandangan dari suatu fenomena atau eksperimen dari waktu ke waktu ditambahkan.
Ada mikroskop optik bermata dan mikroskop trinokular yang telah dirancang untuk memudahkan pemasangan kamera mikroskop digital atau kamera video. Dalam kasus mikroskop bermata, kamera digital cocok dengan satu lensa mata. Dengan mikroskop trinokular, kamera menempel pada lensa mata ketiga, yang dirancang khusus untuk penggunaan ini. Saat menambahkan kamera mikroskop digital ke mikroskop, adaptor mikroskop C-mount adalah konektor yang biasa.
Mikroskop digital pertama dibuat oleh Hirox® pada tahun 1986. USB dan FireWire sekarang memungkinkan koneksi langsung antara kamera mikroskop digital dan komputer. Perbedaan penting lainnya dalam set-up mikroskop digital termasuk kualitas optik, ketersediaan lensa mata, jumlah megapiksel yang dimiliki kamera, perangkat lunak gambar yang digunakan, apakah mikroskop itu berdiri atau genggam, dan biaya. .