Ada sejumlah pestisida alami yang tersedia untuk tukang kebun untuk pengendalian serangga, tetapi herbisida alami relatif sedikit untuk pemberantasan gulma atau tanaman invasif lainnya. Apa yang benar-benar ada dapat lebih berbahaya daripada baik jika diterapkan di bawah kondisi yang salah. Namun, ada tanaman yang bertindak sebagai herbisida alami, seperti black walnut, bunga matahari, sagebrush, dan knapweed tutul. Tanaman ini mengeluarkan bahan kimia yang dapat membunuh spesies tanaman lain yang tumbuh di dekatnya. Proses tanaman tertentu bertindak dengan cara ini disebut alelopati.
Para peneliti sangat tertarik pada kualitas alelopati tanaman, karena bahan kimia yang bertanggung jawab atas herbisida alami seringkali dapat diisolasi dan dimurnikan untuk penggunaan komersial. Misalnya, para ilmuwan mampu mengekstrak bahan kimia herbisida yang disebut katekin dari akar knapweed tutul, gulma invasif yang ditemukan di Amerika Serikat bagian barat. Bahan kimia ini dapat disintesis dalam skala yang lebih besar dan diterapkan pada sejumlah tanaman invasif lainnya. Banyak herbisida semacam itu bersifat selektif, yang berarti bahwa bahan kimianya hanya membunuh tanaman tertentu, tidak semua yang disentuhnya.
Spesies herbisida alami lain yang populer adalah pohon kenari hitam. Minyak yang diekstraksi dari daun pohon sering digunakan dalam herbisida yang diproduksi secara komersial. Ekstrak bahan kimia yang ditemukan dalam bunga matahari juga dapat digunakan oleh tukang kebun yang bekerja secara organik.
Herbisida alami lainnya digunakan terutama untuk mengendalikan pertumbuhan gulma di rumput komersial, seperti lapangan golf dan halaman rumput yang dipasang. Herbisida ini dianggap pra-muncul, yang berarti bahwa mereka menghancurkan tanaman lain pada tahap perkecambahan, sebelum tanaman dapat membangun akar. Salah satunya adalah tepung gluten jagung, yang awalnya dikembangkan sebagai media tumbuh jamur. Para peneliti menemukan bahwa itu juga menghambat perkecambahan tanaman lain, terutama gulma dan rumput, sehingga biasanya diterapkan pada rumput selama fase perkecambahan, beberapa minggu sebelum bilah rumput atau batang gulma pertama muncul.
Penelitian untuk menemukan lebih banyak herbisida alami sedang berlangsung. Beberapa ahli pertanian telah mengamati fenomena alelopati pada tanaman tanaman umum seperti gandum hitam musim dingin dan jerami gandum. Tanaman gandum hitam telah diketahui mempengaruhi pertumbuhan sayuran tertentu, misalnya. Beberapa peneliti percaya bahwa tanaman penutup gandum, atau setidaknya mulsa penutup yang mengandung gandum hitam, dapat bekerja untuk membunuh gulma di antara tanaman kedelai. Herbisida berbasis biji-bijian dapat dimodifikasi untuk membunuh tanaman invasif sambil menyisakan tanaman tanaman penting.
Herbisida alami mungkin terdengar lebih menarik daripada bahan kimia, tetapi mereka masih merupakan zat beracun yang dapat mempengaruhi manusia dan ternak. Aplikasi mereka mungkin memerlukan tindakan pencegahan keamanan yang sama seperti menerapkan herbisida komersial, sehingga orang yang menggunakannya tidak boleh bingung antara istilah “organik” dengan “tidak beracun.”