Dalam biokimia, elektroforesis kapiler adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan molekul berdasarkan ukuran dan muatan listriknya. Ini juga sering disebut elektroforesis zona kapiler atau elektroforesis gel kapiler. Analisis elektroforesis kapiler bergantung pada prinsip bahwa molekul memiliki muatan listrik yang berbeda dan bobot yang berbeda. Jadi, ketika molekul dalam substrat terkena medan listrik, molekul yang berbeda akan bergerak ke arah yang berbeda dan pada kecepatan yang berbeda di dalam substrat.
Ketika suatu substrat memiliki medan listrik yang diterapkan padanya melalui satu elektroda di kedua ujung medan, molekul bermuatan positif akan bergerak menuju elektroda negatif, dan molekul bermuatan negatif akan bergerak menuju elektroda positif. Kecepatan relatif di mana molekul akan bergerak melalui substrat ditentukan oleh karakteristik yang dikenal sebagai ukuran hidrodinamik molekul. Ukuran hidrodinamik suatu molekul tergantung pada dua faktor, massanya, dan kekuatan muatan positif atau negatifnya. Sebuah molekul besar dengan muatan positif yang kuat akan cenderung bergerak relatif cepat menuju elektroda negatif dalam medan listrik. Sebuah molekul kecil dengan muatan negatif yang lemah akan cenderung bergerak jauh lebih lambat menuju elektroda positif dalam medan listrik.
Setelah muatan telah diterapkan pada sampel untuk jangka waktu yang ditentukan, dan molekul yang dianalisis telah dipisahkan, perlu untuk menunjukkan kepada ilmuwan di mana molekul yang berbeda berada di substrat. Dalam banyak sistem elektroforesis kapiler modern ini dicapai dengan sinar ultraviolet (UV). Penerangan UV dapat menunjukkan kepada pengguna jalur fisik yang telah dilacak oleh molekul, atau kumpulan molekul, melalui substrat. Dalam sistem lain, molekul yang akan dianalisis pertama-tama diolah dengan bahan kimia untuk memberi mereka sifat fluoresen. Metode deteksi fluoresen bisa sangat sensitif, tetapi tidak cocok untuk setiap jenis molekul.
Aplikasi elektroforesis kapiler dalam sains sangat banyak dan beragam. Sekuensing elektroforesis kapiler adalah proses, yang digunakan terutama oleh ahli genetika, di mana elektroforesis kapiler digunakan untuk menganalisis molekul bahan genetik Deoxyribo Nucleic Acid (DNA). Ilmuwan makanan dapat menggunakan analisis protein elektroforesis kapiler untuk menentukan karakteristik kandungan protein yang berbeda dari makanan. Dalam penelitian medis, proses ini memiliki banyak aplikasi, seperti analisis antibodi, dan studi tentang bagaimana mereka mengikat molekul lain.