Dalam biokimia, elektroforesis gel RNA adalah metode umum yang digunakan untuk menganalisis molekul biologis yang disebut asam ribonukleat (RNA). Elektroforesis gel memisahkan molekul berdasarkan ukuran dan muatan saat mereka “diayak” melalui lembaran yang terbuat dari bahan kimia agar-agar. Proses ini paling sering digunakan di laboratorium untuk menganalisis fragmen asam deoksiribonukleat (DNA) atau RNA, molekul yang mengandung informasi genetik suatu organisme. Elektroforesis gel RNA sedikit berbeda dari elektroforesis gel DNA dalam prosedur, karena molekul RNA, tidak seperti DNA, adalah rantai beruntai tunggal yang cenderung terlipat menjadi struktur. Hal ini membuat pemisahan berdasarkan ukuran lebih sulit untuk fragmen RNA.
Langkah pertama dalam elektroforesis gel RNA adalah isolasi molekul RNA dari sampel sel biologis. Jaringan sampel dilarutkan dalam campuran bahan kimia tertentu dan dimurnikan untuk menghilangkan enzim RNase, protein, dan DNA. Sangat penting bahwa sampel tidak terkontaminasi dengan RNase pada setiap titik dalam proses, karena RNase mengkatalisis degradasi molekul RNA, menyebabkan mereka pecah. Setelah sampel dimurnikan, sampel didinginkan dan bahan kimia lain ditambahkan untuk membuat RNA mengendap, atau jatuh sebagai padatan dari larutan. Sampel kemudian dimasukkan ke dalam centrifuge, yang memutarnya dengan kecepatan tinggi dan mengisolasi endapan padat di bagian bawah tabung sampel.
Dalam prosedur elektroforesis gel DNA atau RNA, molekul biologis yang dimurnikan ditambahkan ke sumur di salah satu ujung lembaran gel datar. Arus listrik kemudian dialirkan melalui gel. Karena molekul DNA dan RNA bermuatan negatif, mereka tertarik ke elektroda positif di ujung gel, dan bermigrasi melalui pori-pori di gel menuju ujung itu. Pori-pori dalam gel berukuran tetap, sehingga fragmen DNA atau RNA yang lebih kecil bermigrasi lebih cepat daripada fragmen yang lebih besar, yang memiliki lebih banyak masalah untuk menavigasi melalui matriks berpori.
Setelah gel dijalankan selama waktu tertentu, arus listrik dimatikan dan hasilnya diperiksa. Molekul DNA atau RNA dapat diwarnai dan dibuat terlihat pada titik ini. Setiap fragmen akan muncul sebagai pita pada titik yang berbeda dalam gel, tergantung pada seberapa jauh ia dapat bermigrasi mengingat ukurannya. Pemisahan fragmen berdasarkan ukuran dapat berguna dalam membandingkan sampel, seperti dalam forensik, untuk menentukan apakah ada kecocokan — sampel yang identik akan memiliki pola pita yang identik.
Dalam elektroforesis gel RNA, langkah denaturasi tambahan diperlukan sebelum gel dapat dijalankan. Dalam kondisi normal, molekul RNA akan menggumpal atau terlipat menjadi struktur sekunder, mempengaruhi mobilitas fragmen RNA melalui gel. Untuk mencegah hal ini terjadi, sampel RNA harus didenaturasi dengan menambahkan bahan kimia, seperti formaldehida, ke sampel dan gel.