Di dalam sistem pencernaan, ada banyak enzim berbeda yang memecah molekul makanan. Masing-masing enzim ini memiliki peran yang berbeda dan beberapa hanya bekerja pada organ tertentu dalam kondisi tertentu. Sebagian besar pencernaan terjadi di dalam usus kecil oleh sejumlah besar enzim yang berbeda. Pencernaan protein adalah contoh proses kompleks yang dilakukan di berbagai organ oleh berbagai kelompok enzim. Exopeptidases adalah salah satu kelompok enzim yang terlibat dalam pencernaan lengkap protein.
Pencernaan molekul protein sangat spesifik, karena enzim yang terlibat hanya memutus ikatan di samping asam amino tertentu yang ditemukan dalam rantai peptida. Ketika ikatan peptida terbentuk, itu selalu berada di antara ujung amino dari satu asam amino dan ujung karboksil asam amino lainnya. Ketika urutan asam amino diberikan untuk rantai peptida, atau protein tertentu, biasanya dibaca dari ujung amino, terminal N, hingga asam amino terakhir, yang memiliki karboksil bebas, atau terminal C. Awalnya, meskipun protein sedang dipecah, sangat sedikit asam amino yang diproduksi.
Protein adalah molekul besar dan pencernaannya memiliki sejumlah langkah, dimulai di lambung oleh pepsin, salah satu dari tiga endopeptidase. Begitu protein yang dicerna sebagian berpindah dari lambung ke usus kecil, dua endopeptidase lainnya, tripsin dan kimotripsin, terus memecah protein. Ketiga enzim ini membagi untaian peptida panjang yang membentuk protein menjadi panjang yang bervariasi. Endopeptidases dinamakan demikian karena mereka memecah ikatan peptida yang ditemukan di dalam protein.
Untuk menyelesaikan proses pencernaan untuk menghasilkan asam amino tunggal dari rantai protein, diperlukan eksopeptidase. Setiap eksopeptidase memutuskan ikatan antara asam amino akhir dan sisa rantai. Ada beberapa eksopeptidase yang berbeda, masing-masing memiliki cara kerja yang sangat spesifik. Di mana asam amino bergabung dengan sisa rantai peptida dan asam amino mana yang bergabung bersama berperan dalam menentukan eksopeptidase mana yang akan memutuskan ikatan.
Karboksipeptidase adalah eksopeptidase yang memutus ikatan antara asam amino terakhir kedua dan terakhir di ujung terminal C. Eksopeptidase lain, aminopeptidase, melakukan aksi yang sama tetapi pada ujung terminal N. Eksopeptidase lain, yang disebut dipeptidase, memecah pasangan asam amino tertentu. Misalnya, satu dipeptidase hanya akan memutuskan ikatan antara glisin yang dihubungkan dengan leusin. Dipeptidase lain hanya akan bekerja pada ikatan peptida antara dua asam amino glisin yang dihubungkan bersama.