Ekologi akuatik adalah cabang ilmu ekologi yang mempelajari tentang ekosistem perairan. Bidang ini dapat dibagi menjadi dua divisi: ekologi air tawar dan ekologi laut. Mengingat bahwa sebagian besar Bumi tertutup air, memahami ekosistem perairan sangat penting, terutama karena air sangat penting untuk kelangsungan hidup semua kehidupan di Bumi. Tanpa air, Bumi akan menjadi tempat yang sangat berbeda, dan mungkin tidak akan ada ahli ekologi di sekitar untuk mempelajarinya.
Ekologi air tawar melibatkan sungai, danau, sungai, badan air musiman, deposit air bawah tanah, dan daerah sekitarnya, sedangkan ekologi laut berkaitan dengan lautan. Muara, di mana air tawar bertemu air asin, dapat dipelajari oleh ahli ekologi dari kedua bidang, dan kadang-kadang keduanya, bekerja sama dalam proyek yang membutuhkan keahlian ahli ekologi air tawar dan laut. Karena sistem air saling berhubungan, ada banyak kerja sama antara para profesional yang bekerja di berbagai aspek ekologi perairan, dan antara ahli ekologi perairan dan anggota profesi ekologi lainnya.
Apakah seorang ahli ekologi bekerja dengan air asin atau air tawar, ada sejumlah topik yang menarik dalam ekologi perairan. Ekologi akuatik mempelajari populasi alami organisme di dalam air, mempelajari variasi alami dan dampak pengaruh seperti suhu, salinitas, kedalaman air, lokasi, dan musim. Ahli ekologi mungkin tertarik secara khusus pada organisme yang memiliki kepentingan ekonomi, atau pada biologi ekosistem secara keseluruhan.
Ekologi akuatik juga tertarik pada interaksi manusia dengan lingkungan, dan dampak aktivitas manusia pada ekosistem perairan, mulai dari tumpahan minyak di laut hingga limpasan pertanian di danau dan sungai. Beberapa aktivitas manusia memiliki konsekuensi yang tidak diinginkan, dan konsekuensi ini dapat mencapai skala epik di dunia ekologi perairan, karena semua air pada akhirnya mengalir ke lautan, dan lautan di dunia semuanya terhubung. Mikroba di Sungai Gangga mungkin berakhir di pelabuhan di Inggris, dan ahli ekologi dapat menjelajahi jalur yang diambil mikroba untuk sampai ke sana, dan apakah aktivitas manusia berperan atau tidak.
Ada sejumlah besar bidang studi yang tersedia bagi orang-orang yang bekerja di ekologi perairan, termasuk konservasi air, pelestarian lingkungan, penggunaan komersial sumber daya air, polusi, sejarah penggunaan air, kebijakan penggunaan air, dan studi organisme unik di berbagai lingkungan akuatik di seluruh dunia. Orang biasanya memasuki bidang ini dengan mengambil gelar di bidang ekologi, dengan fokus pada isu-isu air yang menarik, dengan beberapa mengejar pelatihan lanjutan di sekolah pascasarjana untuk menerima kualifikasi dan pengalaman tambahan.