Di dalam sel, protein dibuat melalui proses translasi. Selama proses ini, DNA dalam inti sel ditranskripsi menjadi RNA, yang kemudian diterjemahkan untuk membuat molekul protein dari asam amino bebas yang ditemukan di dalam sel. Ada tiga jenis RNA yang terlibat dalam translasi, yaitu: messenger RNA (mRNA), RNA ribosom (rRNA), dan transfer RNA (tRNA). Peran antikodon adalah untuk memastikan bahwa asam amino dalam protein yang diterjemahkan dihubungkan bersama dalam urutan yang tepat, untuk memastikan fungsi protein yang tepat. Tanpa antikodon, sintesis protein tidak dapat terjadi.
DNA terbuat dari empat basa nukleotida, yang disebut A, T, C dan G. Kombinasi basa ini membentuk kode genetik kita. DNA dibaca menggunakan kode triplet, yang merupakan kumpulan tiga basa DNA, yang disebut kodon. Setiap kodon sesuai dengan satu asam amino, yang membentuk blok bangunan untuk setiap protein dalam tubuh. Antikodon adalah wilayah transfer RNA, atau tRNA, yang melengkapi kodon pada untai mRNA yang sedang diterjemahkan.
Untuk membuat protein di dalam sel, DNA harus “dibaca” dan protein harus disintesis. Untuk melakukan ini, DNA pertama-tama ditranskripsi menjadi RNA pembawa pesan, atau mRNA, sejenis informasi genetik yang merupakan cetak biru untuk protein. mRNA juga mengandung kode triplet, yang disebut kodon, yang memberikan urutan asam amino dalam setiap protein spesifik. Setiap kodon melengkapi antikodon yang ditemukan pada molekul tRNA. Antikodon dari tRNA menentukan asam amino mana yang dibawa untuk dilekatkan pada protein yang sedang tumbuh.
Ada empat nukleotida dalam RNA yang sesuai dengan nukleotida dalam DNA. Mereka ditunjuk oleh A, U, C dan G. Setiap kodon terdiri dari tiga nukleotida, sehingga jumlah kodon potensial untuk mengkode asam amino adalah 64. Karena ada 64 kodon yang mungkin untuk mewakili hanya 20 asam amino yang berbeda dalam tubuh, setiap asam amino diwakili oleh lebih dari satu kodon dan antikodon. Kodon untuk setiap amino sudah diketahui.
Meskipun lebih dari satu kodon mungkin sesuai dengan satu asam amino, dua basa pertama dalam kodon triplet identik atau serupa untuk setiap asam amino. Misalnya, dua kodon yang mengkode asam amino leusin adalah UUA dan UUG, yang hanya berbeda pada basa ketiga dari triplet. Ini adalah perlindungan untuk mencegah kesalahan dalam mensintesis protein. Karena antikodon harus “membaca” kodon untuk membawa asam amino yang tepat, selama dua bagian pertama dari kode triplet benar, asam amino yang tepat akan ditambahkan ke protein. Teori ini dikenal sebagai hipotesis goyangan, dan umumnya diterima untuk menggambarkan interaksi antara kodon dan antikodon di semua organisme yang dikenal.