Antigen protein adalah protein yang dapat merangsang produksi antibodi oleh sistem kekebalan, dan sistem kekebalan akan bereaksi jika diidentifikasi dalam tubuh. Antigen dapat dibuat dari sejumlah senyawa, dengan antigen protein termasuk yang paling umum. Banyak antigen protein telah diidentifikasi oleh para peneliti yang tertarik pada sistem kekebalan dan proses penyakit, dan antigen digunakan secara luas dalam penelitian, diagnosis, dan perawatan medis.
Antigen protein eksogen adalah protein yang diproduksi di luar tubuh oleh organisme lain. Contohnya adalah protein yang dibuat oleh virus yang dicerna seseorang. Ketika sistem kekebalan melihat protein ini, ia mengenalinya sebagai benda asing, dan merangsang produksi antibodi yang dapat menempel dan menyerang antigen. Ini adalah salah satu garis pertahanan tubuh terhadap agen penyakit.
Antigen protein endogen diproduksi di dalam tubuh. Mereka sangat sering terlihat pada kematian sel. Sel-sel dalam tubuh dapat memprogram diri mereka sendiri untuk memproduksi antigen-antigen ini sehingga sistem kekebalan tahu kapan saatnya untuk memecah sel dan mendaur ulang komponen-komponennya. Jenis antigen protein ini juga dapat digunakan oleh sistem kekebalan untuk menandai sel yang terinfeksi untuk dihancurkan.
Jenis lain dari antigen protein adalah autoantigen. Autoantigen adalah zat yang biasanya ditemukan di dalam tubuh dan biasanya dipahami sebagai tidak berbahaya yang mulai diidentifikasi oleh tubuh sebagai antigen. Autoantigens terlibat dalam penyakit autoimun, di mana tubuh mulai menyerang dirinya sendiri karena pemrograman sistem kekebalan berjalan serba salah. Dalam hal ini, protein yang sebenarnya merupakan bagian dari tubuh dinilai berbahaya oleh sistem kekebalan, dan sistem kekebalan bekerja untuk menghilangkannya meskipun dapat menyebabkan cedera pada tubuh.
Vaksinasi dapat melibatkan pengenalan antigen yang terkontrol, seringkali antigen protein, ke tubuh untuk memungkinkannya membentuk antibodi tanpa memaparkannya pada risiko penyakit. Antigen juga dapat digunakan dalam tes; jika seorang dokter mencurigai bahwa pasien memiliki virus tertentu, misalnya, sampel darah dapat dimasukkan ke antigen pilihan untuk melihat antigen mana yang mengikatnya. Identifikasi antigen juga penting untuk tes darah yang dilakukan untuk menentukan apakah ada yang resisten terhadap suatu penyakit atau tidak, atau apakah seseorang telah terpapar suatu penyakit.