Tanaman yang ditanam secara organik adalah tanaman yang diproduksi tanpa menggunakan produk buatan manusia; biasanya pupuk, pestisida, dan herbisida. Sebaliknya, segala sesuatu yang diterapkan pada tanaman seperti itu harus terjadi secara alami, yang sering kali berarti membutuhkan lebih banyak tenaga kerja untuk menghasilkan tanaman ini, tetapi petani menjamin bahwa mereka tidak tersentuh oleh bahan kimia buatan manusia. Alfalfa organik adalah salah satu tanaman tersebut, dan dapat ditanam sebagai pakan ternak yang digunakan untuk menghasilkan makanan atau diubah menjadi suplemen makanan bagi manusia.
Saat memproduksi tanaman organik, gulma dapat menjadi masalah serius jika tidak dikendalikan secara memadai. Salah satu metode untuk meminimalkan pertumbuhan gulma adalah dengan menjaga agar lahan tetap ditanami alfalfa organik atau tanaman penutup, seperti rumput gandum. Metode ini membuat area tertutup dengan tanaman yang diinginkan yang biasanya tebal dan tumbuh cepat, mencekik sebagian besar gulma sebelum mereka dapat memulai. Sesaat sebelum menanam alfalfa, rumput gandum dibajak di bawah dan dibiarkan membusuk sehingga berfungsi juga sebagai pupuk, atau yang biasa disebut pupuk hijau, dan memberikan nutrisi bagi tanaman baru.
Alfalfa organik juga biasanya dibuahi dengan kotoran tua dari kandang kuda atau sapi, atau kompos organik tua yang mungkin termasuk potongan rumput busuk dan sampah dapur serta bahan tanaman lainnya. Penting bahwa semua yang ditambahkan ke kompos adalah organik, karena kontaminan kimia pada setiap tahap proses dapat berarti bahwa alfalfa yang dihasilkan tidak lagi benar-benar organik. Kebanyakan petani tanaman organik sangat teliti tentang hal-hal seperti itu dan berusaha keras untuk menghindari kemungkinan bahan non-organik bersentuhan dengan tanaman mereka.
Karena pestisida kimia pasti buatan manusia, petani alfalfa organik harus menemukan cara lain untuk menangani hama yang datang ke ladang. Salah satu metode yang sangat populer adalah penggunaan kontrol alami, khususnya serangga pemangsa yang memangsa serangga yang mungkin merusak tanaman alfalfa organik. Kepik, tawon tertentu, serangga bajak laut, dan belalang sembah semuanya digunakan untuk mengendalikan berbagai hama tanpa perlu menggunakan bahan kimia yang mungkin berbahaya.
Meskipun harga alfalfa organik lebih mahal, sebagian karena lebih mahal untuk diproduksi, banyak orang merasa bahwa itu sepadan dengan biaya ekstra untuk menghindari masalah kesehatan yang menyertai begitu banyak produk buatan yang umum digunakan. Ketika alfalfa digunakan sebagai pakan ternak, tidak ada kemungkinan pestisida tidak sehat atau bahan kimia lainnya menumpuk di daging atau susu hewan penghasil makanan. Dalam beberapa kasus alfalfa organik digunakan untuk membuat suplemen nutrisi bagi manusia, dan mayoritas orang yang memilih untuk menggunakan suplemen tersebut tampaknya lebih suka bahwa produk tersebut tidak dibuat dari alfalfa yang telah terpapar bahan kimia yang berpotensi berbahaya.