Komponen struktural dan fungsional utama dari ribosom, yang membangun protein dalam sel, adalah 16s rRNA, atau 16s asam nukleat ribosom. Ribosom memiliki subunit kecil dan subunit besar, keduanya terdiri dari berbagai jenis rRNA dan protein yang berasosiasi dengan rRNA untuk membantunya berfungsi lebih efisien. Sebagian besar subunit kecil terdiri dari 16s rRNA. RNA ini memiliki dua fungsi utama, untuk membuat hubungan yang tepat antara subunit dan untuk memastikan bahwa protein yang dibuat oleh ribosom akurat. Struktur dan fungsinya sangat lestari di antara berbagai jenis organisme.
Ribosom membangun protein berdasarkan sistem yang mirip dengan jalur perakitan mekanis, dan semua fungsi ini ditangani oleh 16s rRNA. RNA berisi tiga kantong yang, secara berurutan, membawa blok pembangun protein, menghubungkannya ke protein yang sedang tumbuh, kemudian mengeluarkan potongan-potongan yang digunakan untuk mempersiapkan koneksi berikutnya. Proses ini terdengar sederhana, tetapi dikontrol dengan ketat dan harus sangat tepat. Kesalahan dalam salah satu langkah ini dapat menyebabkan protein dibangun secara tidak benar, yang dapat menyebabkan berbagai tingkat penyakit genetik. Karena semua organisme bergantung pada protein sampai tingkat tertentu, fungsi penting pembentukan protein hampir selalu bergantung pada 16s rRNA.
Struktur 16s rRNA tidak harus persis sama di antara organisme, meskipun fungsinya tidak. Antara spesies, dan bahkan dalam satu organisme, urutan yang tepat dari asam nukleat dalam molekul RNA tertentu dapat bervariasi tanpa merugikan organisme. Seringkali, beberapa lokasi dalam urutan akan bervariasi, tetapi itu tidak selalu terjadi. Variasi ini disebut ribotipe. Mereka sangat menarik ketika mempelajari ekologi dan evolusi organisme bersel tunggal seperti bakteri.
16s rRNA sering digunakan sebagai penanda molekuler, di mana urutan dan strukturnya dianalisis untuk menentukan tingkat perubahan antar spesies, khususnya bakteri. Datanya sering digunakan untuk membangun pohon filogenetik, yang merupakan diagram kemungkinan hubungan antar spesies. Konservasi RNA yang tinggi antar spesies membuat perbedaan menjadi lebih jelas. Ribotipe dapat membantu atau menghalangi jenis penelitian ini, karena mereka dapat menandai perubahan yang signifikan, tetapi juga mungkin hanya variasi RNA spesifik organisme. Penelitian ini dapat digunakan untuk memprediksi evolusi mikroorganisme atau mengembangkan target obat untuk mencegah bakteri membuat protein yang mereka butuhkan untuk bertahan hidup, sehingga memiliki aplikasi langsung pada kesehatan manusia.