Hubungan antara sistem perkemihan dan sistem reproduksi terletak pada perkembangan awal janin dari sistem ini dan lokasi anatomis sistem tersebut. Sistem kemih dan reproduksi pada manusia diciptakan dari lapisan embrionik yang sama selama perkembangan janin. Selama trimester pertama pematangan janin, kedua sistem ini berdiferensiasi menjadi dua fungsi tubuh yang terpisah. Sistem kemih berkembang menjadi sistem fungsi tubuh untuk membuang limbah, dan sistem reproduksi berkembang menjadi sistem fungsi tubuh dengan tujuan tunggal untuk melestarikan spesies.
Sistem kemih dan reproduksi berkembang dari lapisan mesoderm perantara. Dari lapisan ini berkembang ginjal, gonad, duktus Wolffian dan duktus Mullerian. Duktus Wolffian atrofi pada wanita tetapi berkembang menjadi vesikula seminalis, vas deferens, epididimis dan duktus ejakulatorius pada pria. Duktus Mulleri membentuk rahim, saluran tuba dan vagina pada wanita. Gonad menjadi testis pada pria dan ovarium pada wanita.
Kemudian dalam perkembangannya, setelah ginjal naik ke tempatnya, kandung kemih terbentuk dari bagian duktus Wolffii dan kloaka endodermal. Uretra terbentuk sepenuhnya pada wanita dan sebagian terbentuk pada pria dari kloaka endodermal. Sisa uretra pria berkembang dari genitalia eksterna.
Pada pria, sistem kemih dan reproduksi sedikit tumpang tindih. Uretra pada pria memiliki tujuan ganda untuk eliminasi urin dan ejakulasi sperma. Urine dibentuk di ginjal sebagai bahan limbah dan berjalan ke ureter ke kandung kemih untuk disimpan sampai dikeluarkan dari tubuh. Pada titik buang air kecil, urin mengalir dari kandung kemih melalui uretra dan keluar dari tubuh dari penis.
Gonad jantan disebut testis. Sperma berkembang di dalam testis dan disimpan dalam gulungan epididimis. Sebelum ejakulasi, sperma berjalan dari penyimpanan di epididimis melalui vas deferens, yang terletak tepat di belakang kandung kemih dan terhubung ke uretra. Sperma kemudian dikeluarkan dari tubuh melalui uretra melalui ujung penis.
Untuk wanita, sistem kemih dan reproduksi dipisahkan, meskipun uretra dan lubang vagina terletak di dalam labia minora vagina. Seperti pada pria, urin diproduksi di ginjal dan mengalir ke kandung kemih melalui ureter. Urin dikeluarkan dari wanita melalui uretra, yang terletak di depan lubang vagina yang terletak di dalam labia minora.
Telur diproduksi di gonad betina, atau ovarium. Biasanya, satu sel telur akan melakukan perjalanan dari ovarium ke saluran tuba dan akhirnya ke rahim. Jika pembuahan sel telur tidak terjadi, menstruasi akan terjadi, memungkinkan lapisan endometrium rahim dan sel telur yang tidak dibuahi dikeluarkan melalui leher rahim, ke dalam vagina dan keluar tubuh melalui lubang vagina.