Banyak pelaku diet telah melaporkan hubungan antara diet Atkins dan sembelit, terutama ketika pada fase induksi diet. Fase ini berlangsung sekitar dua minggu dan ditandai dengan asupan karbohidrat yang sangat rendah. Setiap perubahan dalam kebiasaan makan dapat menyebabkan masalah seperti sembelit, tetapi karena tubuh terbiasa dengan perubahan dan lebih banyak makanan diizinkan setelah fase induksi, masalah sembelit tidak begitu umum. Ada strategi yang harus diikuti saat menjalani diet Atkins dan sembelit akan hilang dengan sendirinya setelah beberapa hari atau minggu.
Sembelit adalah efek samping yang umum dari banyak diet rendah karbohidrat. Salah satu kritik terhadap diet Atkins adalah, pada fase induksi, pelaku diet mengonsumsi kurang dari 7% dari asupan serat harian minimum. Fokus pada protein tingkat tinggi juga dapat memperburuk hubungan antara diet Atkins dan sembelit karena asupan daging dan keju yang tinggi dapat menyebabkan ketidakteraturan usus.
Tubuh harus memiliki serat untuk memungkinkannya membuang limbah. Buah-buahan, sayuran dan produk gandum utuh seperti roti dan sereal adalah sumber serat biasa dalam diet sehat rata-rata. Serat 21 gram yang direkomendasikan sehari bisa jadi cukup sulit untuk dikonsumsi pada diet rendah karbohidrat seperti diet Atkins dan akibatnya cukup sering sembelit. Dalam beberapa kasus, masalahnya bisa menjadi cukup parah sehingga memerlukan bantuan medis.
Untuk menghindari sembelit saat diet, perlu minum delapan gelas air karena kekurangan air adalah penyebab utama sembelit. Jika ini tidak berpengaruh, maka mengkonsumsi serat tambahan seperti biji rami atau dedak gandum dapat membantu. Salad dan sayuran, terutama sayuran berdaun hijau seperti bayam, kol dan brokoli, sangat dapat diterima dalam diet dalam jumlah yang tidak terbatas sehingga memastikan ini adalah bagian dari sebagian besar makanan akan meningkatkan asupan serat. Meningkatkan latihan fisik juga harus membantu dalam mengobati sembelit saat menjalani diet Atkins. Suplemen serat direkomendasikan terutama selama fase 1 Diet Atkins, atau fase induksi, untuk mengimbangi efek makan lebih banyak protein rendah serat.
Efek samping diet Atkins lainnya termasuk kelelahan, pusing, sakit kepala dan kelemahan dan ini terutama disebabkan oleh pengurangan drastis karbohidrat pada fase awal diet. Diet Atkins telah berubah dari waktu ke waktu dan sedikit melonggarkan pendekatannya untuk mengatasi kekhawatiran dan laporan efek samping. Sebelum memulai diet ini atau lainnya, disarankan untuk berkonsultasi dengan dokter terutama jika ada masalah kesehatan.