Gejala penarikan clonidine sangat banyak dan berkisar dari sakit perut ringan hingga peningkatan tekanan darah yang parah dan berbahaya. Efek tambahannya adalah sakit kepala, sulit tidur, perubahan penglihatan, dan perasaan seperti flu. Pasien dapat mengembangkan tanda-tanda mengganggu lainnya seperti tremor, demam, halusinasi, dan kecemasan ekstrim. Reaksi-reaksi ini dapat dicegah dengan mengurangi obat secara perlahan, dan memasukkan kembali obat yang dihentikan secara tiba-tiba dapat menghentikan gejala yang parah.
Umumnya pasien hanya akan mengalami putus obat clonidine jika tiba-tiba berhenti minum obat tanpa dipandu tapering. Ini berarti siapa pun yang menggunakan obat ini memerlukan saran dokter tentang cara menghentikannya dengan aman. Penting untuk ditekankan bahwa penggunaan jangka pendek pun dapat menyebabkan penarikan. Semua pasien yang memakai obat harus memiliki rencana pengurangan bertahap yang dirancang oleh dokter untuk penghentian.
Salah satu kekhawatiran terbesar yang terkait dengan penarikan adalah bahwa hal itu dapat menyebabkan krisis hipertensi. Obat ini menurunkan dan mengatur tekanan darah. Ketidakhadirannya yang tiba-tiba dapat menghasilkan tingkat tekanan darah tinggi yang berbahaya yang terkadang berakibat fatal. Gejala penghentian mendadak yang parah lainnya adalah halusinasi, mual dan/atau muntah yang ekstrem, dan perubahan suasana hati yang mendalam. Yang terakhir ini mungkin sangat berisiko bagi orang-orang dengan kondisi seperti gangguan bipolar.
Sementara banyak orang tidak akan mengalami gejala penarikan yang paling parah, keragaman reaksi ini dapat menciptakan ketidaknyamanan yang luar biasa. Saat pasien menarik diri dari obat, suasana hati, suhu tubuh, fungsi perut, dan kognisi semuanya dapat terkena dampak negatif. Dengan kata lain, orang bisa merasa sangat sakit ketika mereka tiba-tiba berhenti, dan perasaan ini bisa berlangsung selama beberapa hari atau lebih lama. Selain itu, sulit untuk memprediksi hasil penarikan dan hampir tidak mungkin untuk menentukan apakah pasien cenderung memiliki reaksi yang mengancam jiwa.
Daripada membiarkan pasien menjalani penarikan clonidine, dokter biasanya membuat rencana penghentian meruncing. Tapering dapat memakan waktu mulai dari hanya beberapa hari hingga beberapa minggu. Ini terutama melibatkan pemberian dosis yang terus menurun setiap hari untuk menghindari gejala negatif. Jumlah spesifik pengurangan harian dapat diubah jika pasien mulai mengalami penarikan. Juga, ketika orang tiba-tiba menghentikan clonidine, memulai kembali terapi dengan obat dapat menghentikan sebagian besar gejala negatif.
Ironisnya, clonidine adalah obat yang berguna untuk penarikan dari jenis obat lain seperti benzodiazepin dan opiat. Ini membantu menghilangkan gejala negatif yang mungkin terjadi ketika orang berhenti mengonsumsi zat ini. Bila digunakan untuk tujuan ini, pengobatan umumnya hanya berlangsung selama beberapa hari hingga seminggu. Namun demikian, karena pasien yang sama ini juga dapat menderita putus obat clonidine, obat ini sering dikurangi pada akhir pengobatan untuk menghindari gejala-gejala ini.