Mereka dengan intoleransi gluten biasanya menunjukkan beberapa gejala yang berbeda, sehingga penting bahwa mereka hanya menelan produk makanan bebas gluten untuk menghilangkan masalah tersebut. Beberapa gejala intoleransi gluten yang paling umum termasuk depresi, lekas marah, kelelahan, dan perubahan berat badan yang tiba-tiba. Masalah pencernaan juga umum di antara mereka yang menderita gangguan autoimun ini, termasuk sakit perut, kembung, sembelit, dan kram. Akhirnya, infeksi yang sering juga bisa menjadi tanda intoleransi gluten, karena sistem kekebalan tubuh biasanya terganggu. Karena banyak dari gejala ini dapat menandakan berbagai gangguan, intoleransi gluten biasanya hanya didiagnosis ketika hampir semuanya diamati pada pasien.
Salah satu gejala intoleransi gluten paling umum yang mungkin dikeluhkan orang adalah kelelahan yang ekstrem. Ini tidak mengherankan karena gejala ini adalah salah satu yang paling dikeluhkan ketika datang ke penyakit apa pun, tetapi intoleransi gluten juga disertai dengan sejumlah tanda tambahan, seperti depresi dan lekas marah. Salah satu gejala intoleransi gluten yang paling sering adalah kenaikan berat badan yang tidak dapat dijelaskan saat mengikuti diet yang menampilkan makanan dengan gluten, meskipun beberapa orang juga mengalami penurunan berat badan secara tiba-tiba.
Beberapa gejala intoleransi gluten yang paling sering diamati berkaitan dengan sistem pencernaan, yang mungkin tidak mengejutkan karena penyebab utama gangguan ini adalah produk makanan. Sembelit dan kembung berikutnya cenderung muncul pada mereka yang menderita sensitivitas gluten. Di sisi lain, diare dan sakit perut juga sering terlihat pada mereka yang memiliki intoleransi gluten. Beberapa orang mungkin mengalami diare dan sembelit pada hari-hari bergantian, yang menyebabkan kram, sakit perut, dan ketidaknyamanan umum.
Sementara ketidakmampuan untuk melawan banyak infeksi mungkin tampak tidak berhubungan dengan kondisi medis ini, sebenarnya hal ini diperkirakan terjadi karena intoleransi gluten menyebabkan kerusakan pada lapisan usus kecil. Karena di sinilah sebagian besar sistem kekebalan tubuh berada, tidak mengherankan jika antibodi yang biasanya melawan infeksi menjadi langka. Ini meninggalkan selaput lendir, seperti mata, mulut, sinus, dan vagina, pada belas kasihan patogen, sering menyebabkan pilek dan infeksi yang mempengaruhi sinus, vagina, mata, dan saluran kemih. Selain itu, saluran pernapasan dan pencernaan juga sangat dipengaruhi oleh kelangkaan antibodi, yang menyebabkan masalah perut yang sering terjadi, termasuk bisul dan gangguan usus. Gejala intoleransi gluten lainnya yang tampaknya tidak terkait termasuk infertilitas pada pria dan wanita, kekurangan vitamin, anemia, intoleransi laktosa, sakit kepala, perubahan suasana hati, dan nyeri tulang dan sendi.