Ada banyak penyakit autoimun dan kondisi ini menyebabkan tubuh membuat respons imun terhadap sesuatu yang tidak seharusnya. Dengan kata lain, tubuh menyalakan dirinya sendiri dengan menyerang satu atau lebih sistem tubuh dan memperlakukannya sebagai benda asing. Karena fakta bahwa ini dapat terjadi pada sistem tubuh yang berbeda, gejala autoimun yang umum dapat bervariasi, dan beberapa sebenarnya dapat berlawanan dengan yang lain. Namun demikian, adalah mungkin untuk melihat beberapa gejala dan melihatnya sebagai hal-hal yang mungkin terjadi ketika ada penyakit autoimun, meskipun adanya gejala-gejala ini dapat mengindikasikan penyakit lain juga.
Di hampir semua penyakit autoimun, orang mungkin menderita kelelahan atau kelelahan kronis. Mungkin sulit untuk bangun dari tempat tidur di pagi hari, dan aktivitas normal bisa terasa melelahkan. Ketika kondisi ini berlangsung selama beberapa waktu tanpa membaik, bahkan ketika orang melakukan hal-hal seperti meningkatkan tingkat olahraga dan diet mereka, ini adalah gejala yang perlu ditelusuri. Kelelahan mungkin juga merupakan gejala dari kondisi seperti gagal jantung, tekanan darah tinggi atau penyakit tertentu yang tidak bersifat autoimun. Beberapa orang dengan kadar tiroid tinggi karena penyakit Grave mungkin menderita sebaliknya dan tidak dapat tidur atau mengalami insomnia.
Gejala autoimun umum lainnya adalah resistensi yang lebih rendah terhadap penyakit umum. Sementara kebanyakan orang dewasa mungkin mengharapkan untuk mendapatkan beberapa pilek atau virus setahun, penyakit konstan, di mana pilek atau virus cenderung terjadi dengan lebih sering atau hampir setiap saat dapat menunjukkan penurunan sistem kekebalan tubuh. Beberapa orang juga sering mengalami infeksi, seperti pneumonia, atau infeksi kandung kemih dan ginjal. Tidak dapat pulih dengan cepat dari flu biasa dan virus mungkin juga menunjukkan masalah. Dua penyakit terkenal diindikasikan pada infeksi yang sering terjadi dan ini adalah lupus dan HIV/AID.
Bahkan tanpa adanya penyakit lain, adanya demam kronis dapat menjadi gejala autoimun. Bergantian, beberapa orang memiliki masalah dengan kontrol suhu tubuh ke arah yang berlawanan dan selalu merasa dingin atau memiliki tangan dan kaki yang sangat dingin. Hal ini terutama terjadi pada kondisi seperti tiroiditis Hashimoto.
Beberapa gejala autoimun umum yang mungkin berhubungan dengan kondisi seperti rheumatoid arthritis termasuk rasa sakit dan nyeri. Ada sejumlah penyakit lain yang mungkin juga memiliki gejala ini. Rasa sakit terutama dapat dirasakan pada persendian.
Orang dengan penyakit autoimun tertentu mungkin melihat perubahan pada rambut – kebotakan atau rambut rapuh dapat berkembang. Gejala umum lainnya dari penyakit autoimun dapat mempengaruhi kulit dengan lesi, ruam, perubahan tekstur atau perubahan warna.
Orang dengan kondisi autoimun yang sedang berkembang mungkin mengalami perubahan berat badan yang cukup dramatis, baik kehilangan atau penambahan berat badan yang cukup banyak. Terkadang hal-hal seperti suasana hati juga bisa berubah, dan perkembangan depresi tidak jarang terjadi. Kebanyakan orang biasanya menganggap kondisi autoimun terkait dengan orang dewasa, tetapi pada anak-anak, salah satu gejala autoimun yang umum adalah pertumbuhan yang tertunda, terutama pada anak-anak yang lebih muda.
Ada banyak gejala autoimun lain yang spesifik untuk setiap penyakit. Satu atau dua gejala dari suatu kondisi tidak selalu membuat diagnosis. Orang-orang yang khawatir mereka mungkin memiliki penyakit autoimun sebaiknya berbicara dengan dokter mereka. Dokter dapat mendiagnosis kondisi (atau mengesampingkannya) dan membantu pasien mereka menemukan perawatan terbaik.