Semua obat dan vaksin menyebabkan efek samping, meskipun dalam beberapa kasus ini sangat ringan dan mungkin tidak terlihat. Umumnya, efek samping vaksin hepatitis B ringan dan tidak mengancam, tetapi ada beberapa efek samping sedang hingga berat yang dapat terjadi pada kasus yang jarang terjadi. Vaksin hepatitis B adalah vaksin rekombinan yang dibuat dari versi sintetis protein dari virus hepatitis B. Ini bukan virus hidup atau mati dan karena itu tidak dapat menyebabkan infeksi hepatitis B. Vaksin ini aman untuk hampir semua orang, termasuk bayi, anak-anak dan orang tua.
Efek samping vaksin hepatitis B yang paling umum adalah sangat ringan dan tidak berbahaya. Sekitar 25 persen orang yang memiliki vaksin akan mengalami rasa sakit di tempat suntikan. Sekitar satu dari setiap 15 orang akan memiliki suhu 99.9 derajat Fahrenheit (37.7 derajat Celcius) atau lebih tinggi.
Ada banyak kemungkinan efek samping vaksin hepatitis B lainnya, yang sebagian besar jarang terjadi atau tidak mengancam. Efek samping pernapasan yang mungkin terjadi antara lain batuk, rinitis, infeksi saluran pernapasan atas, gejala mirip flu, dan gejala mirip asma. Gangguan penglihatan, nyeri atau kekakuan sendi dan otot, pembengkakan kelenjar getah bening dan reaksi alergi ringan dapat terjadi. Tes fungsi hati yang tidak normal adalah efek samping yang tidak umum; masalah hati yang lebih serius seperti kanker atau penyakit hati tidak dilaporkan efek sampingnya.
Reaksi alergi parah terhadap vaksin hepatitis B sangat jarang, terjadi pada frekuensi sekitar satu dari 1.1 juta. Gejala efek samping vaksin hepatitis B alergi termasuk gatal-gatal atau ruam, sesak di dada, kesulitan bernapas dan pembengkakan pada wajah, bibir, lidah atau mulut. Jika seseorang yang telah mendapatkan vaksin hepatitis B mengalami efek samping ini, dia harus segera mencari perhatian medis darurat.
Efek samping vaksin hepatitis B yang berpotensi parah lainnya termasuk efek samping sistem saraf, kardiovaskular dan imunologi. Efek samping kardiovaskular termasuk tekanan darah rendah, pingsan, jantung berdebar-debar dan detak jantung yang cepat. Sistem kekebalan dapat dipengaruhi oleh penyakit autoimun lupus eritematosus sistemik, atau vaskulitis, di mana pembuluh darah di dekat tempat infeksi menjadi meradang.
Ada beberapa kemungkinan efek samping sistem saraf yang dapat terjadi setelah penggunaan vaksin hepatitis B. Gejala ringan sementara termasuk sakit kepala, vertigo, pusing, insomnia dan kantuk. Kejang dan penyakit sistem saraf inflamasi seperti ensefalitis dan mielitis adalah konsekuensi lain yang mungkin terjadi. Orang dengan multiple sclerosis mungkin mengalami gejala yang memburuk setelah vaksinasi hepatitis B.