Efek samping obat kumur yang paling umum termasuk iritasi pada selaput lendir mulut dan rasa terbakar di mulut. Rasa obat kumur bisa bertahan selama berjam-jam, membuat makanan terasa metalik, pahit atau pedas. Untuk mengurangi efek samping mulut yang terbakar, rasa obat kumur yang lebih halus dapat digunakan. Terkadang, menelan obat kumur dalam jumlah besar dapat menyebabkan efek samping yang lebih parah. Ini termasuk mual dan muntah, pusing, diare, dan pusing.
Meskipun secara tidak sengaja menelan obat kumur dalam jumlah kecil umumnya tidak dianggap serius, meminum obat kumur dengan sengaja dapat menyebabkan efek samping yang serius dan bahkan dapat mengancam nyawa. Efek samping obat kumur mungkin termasuk kehilangan kesadaran, kejang, dan bahkan serangan jantung karena kandungan alkohol yang tinggi dalam obat kumur tertentu. Efek samping ini mirip dengan yang dialami saat minum minuman beralkohol dalam jumlah berlebihan.
Salah satu efek samping obat kumur yang paling meresahkan adalah potensinya untuk meningkatkan risiko kanker faring dan kanker mulut. Ini, sekali lagi, karena kandungan alkohol yang tinggi dari obat kumur tertentu. Meskipun lebih banyak bukti mungkin diperlukan untuk menetapkan hubungan yang pasti, mungkin lebih bijaksana untuk menggunakan obat kumur non-alkohol. Efek samping obat kumur lainnya termasuk iritasi dan pengelupasan jaringan mulut, yang tidak nyaman dan dapat menyebabkan infeksi mulut atau bahkan penyakit gusi.
Manfaat obat kumur termasuk kemampuannya untuk mengurangi bakteri mulut yang dapat menyebabkan penyakit gusi dan infeksi gigi. Obat kumur juga dapat membantu menghilangkan plak dan bau mulut. Orang yang menggunakan obat kumur atau obat kumur yang mengandung fluoride mungkin kurang berisiko untuk mengembangkan gigi berlubang. Obat kumur tertentu juga dapat meredakan sakit tenggorokan. Berkumur dengan obat kumur dapat membantu meredakan sakit tenggorokan yang disebabkan oleh infeksi, namun berkumur terlalu sering dengan obat kumur berbasis alkohol dapat menyebabkan rasa sakit.
Seorang profesional gigi harus dikonsultasikan ketika efek samping obat kumur terjadi. Dia dapat mengevaluasi kerusakan jaringan mulut dan mendiskusikan kebersihan mulut menggunakan obat kumur non-alkohol. Beberapa ahli gigi, bagaimanapun, tidak merekomendasikan penggunaan obat kumur sama sekali, melainkan merekomendasikan program kebersihan mulut yang baik yang mencakup menyikat gigi setidaknya dua kali sehari dan flossing di antara waktu makan.