Efek samping yang paling umum dari mikrodermabrasi mungkin iritasi kulit ringan, peningkatan jerawat, dan beberapa perubahan warna kulit. Orang dengan kulit sensitif biasanya lebih rentan terhadap efek samping mikrodermabrasi dibandingkan orang yang tidak memiliki kulit sensitif. Efek samping perubahan warna kulit juga tampaknya lebih terasa pada orang yang secara alami memiliki kulit lebih gelap. Orang yang menjalani mikrodermabrasi untuk membantu mengatasi gejala jerawat dan bekas jerawat mungkin juga mengalami lebih banyak jerawat daripada biasanya selama beberapa minggu setelah prosedur. Sebagian besar efek samping mikrodermabrasi bersifat sementara dan hilang dengan sendirinya setelah kulit sempat sembuh.
Mungkin sangat sedikit orang yang tidak mengalami iritasi kulit setelah melakukan mikrodermabrasi. Ketika mikrodermabrasi dilakukan, seluruh lapisan atas kulit dihilangkan. Ini biasanya menyebabkan iritasi kulit yang menurut banyak orang mirip dengan sengatan matahari. Kemerahan, gatal, dan pengelupasan atau pengelupasan kulit adalah efek samping dari mikrodermabrasi yang sering dilaporkan oleh orang-orang yang baru saja menjalani prosedur. Setelah kulit memiliki kesempatan untuk sembuh, efek samping ini biasanya hilang.
Banyak orang telah melakukan mikrodermabrasi untuk membantu mengatasi jerawat mereka. Untuk alasan ini, mungkin mengejutkan bagi orang-orang ini ketika jerawat cenderung memburuk setelah prosedur mikrodermabrasi. Meskipun mikrodermabrasi seringkali dapat sangat membantu baik jerawat maupun bekas jerawat, jerawat cenderung menjadi lebih buruk setelah prosedur karena trauma pada kulit dan karena mikrodermabrasi membantu membuka pori-pori. Ketika pori-pori menjadi tidak tersumbat dari mikrodermabrasi, bakteri biasanya dilepaskan dari pori-pori, dan bakteri ini dapat menempel di permukaan kulit, untuk sementara meningkatkan kemungkinan pembentukan bintik jerawat. Kebanyakan orang melaporkan bahwa efek samping mikrodermabrasi ini hilang dalam beberapa minggu setelah prosedur selesai.
Perubahan warna kulit bisa menjadi yang paling bermasalah dari semua efek samping mikrodermabrasi. Orang yang memiliki kulit lebih terang biasanya tidak mengalami masalah ini secara signifikan, tetapi orang dengan kulit yang lebih gelap sering mengalaminya. Setelah mikrodermabrasi, seseorang dengan kulit gelap mungkin memperhatikan bahwa dia memiliki beberapa bercak terang yang sebelumnya tidak ada. Perubahan warna ini seringkali tidak permanen, tetapi dapat bertahan cukup lama sebelum warna kulit kembali normal. Banyak orang dapat mengatasi efek samping ini dengan menggunakan alas bedak pada kulit mereka untuk memberikan warna yang lebih merata di seluruh kulit.