Efek samping L-karnitin jarang terjadi. Ketika gejala memang terjadi, bagaimanapun, individu sering mencatat perut ringan sampai sedang dan ketidaknyamanan pencernaan, sakit kepala dan iritasi kulit. Pada beberapa, infeksi kandung kemih, gangguan tidur dan bau badan yang tidak biasa dialami.
Sebagai turunan dari asam amino lisin, L-karnitin membantu memetabolisme lemak. Bantuan yang diberikannya sangat penting untuk kesehatan yang baik karena memberikan asam lemak langsung ke mitokondria sel. Kecuali seseorang kekurangan turunan asam amino ini, umumnya tidak perlu meningkatkan keberadaannya di dalam tubuh. Meskipun mudah diakses melalui konsumsi produk susu dan daging merah, banyak orang yang menghindari produk makanan ini membelinya dalam bentuk suplemen dan sering ingin tahu tentang efek samping L-karnitin yang diketahui.
Individu yang menderita hemodialisis dan kehilangan memori terkait usia juga dapat mengambil manfaat dari L-karnitin. Para peneliti tidak jelas, bagaimanapun, jika melengkapi asam amino ini benar-benar akan mencegah kerugian tersebut. Dengan gangguan tidur menjadi salah satu efek samping L-karnitin yang jarang dilaporkan, individu yang menggunakannya untuk memperlambat kehilangan memori sering kali merasa kurang efektif.
Kadang-kadang disebut hanya sebagai karnitin atau asetil L-karnitin, efek samping sangat jarang dilaporkan pada individu yang sehat. Sedikit, jika ada, efek samping bahkan dicatat pada orang dengan masalah kesehatan lainnya. Faktanya, pada beberapa pasien HIV, obat antivirus yang digunakan untuk mengobati infeksi HIV diketahui benar-benar menyebabkan kekurangan L-karnitin. Efek samping seperti ini biasanya diobati dengan suplemen karnitin, yang membantu memulihkan tingkat kesehatan tubuh.
Meskipun kebanyakan orang tidak mengalami efek samping L-karnitin, mereka yang mengalami masalah biasanya melaporkan gejala dan gangguan ringan hingga sedang seperti ruam kulit, hidung tersumbat, mual, diare, dan muntah. Beberapa bahkan telah melaporkan adanya bau badan yang aneh yang mungkin dihasilkan dari interaksi kimia dengan suplemen yang terjadi di dalam tubuh. Sementara bau badan adalah salah satu efek samping L-karnitin yang kurang umum, para peneliti telah menemukan bahwa bau badan dapat dihindari dengan juga mengonsumsi suplemen riboflavin.
Bahkan tanpa adanya efek samping L-karnitin fisik yang jelas, dokter menyarankan agar orang yang mengonsumsi suplemen karnitin juga menjalani pemeriksaan klinis secara teratur. Hal ini disebabkan oleh fakta bahwa beberapa efek samping L-karnitin hanya ditemukan melalui pengujian medis. Para peneliti yang menguji anak-anak dengan gangguan perhatian juga menemukan suplementasi L-karnitin agak efektif, tetapi merekomendasikan bahwa pengobatan tersebut hanya diberikan di bawah perawatan dokter sehingga efek samping dapat dipantau secara ketat dan diobati jika memang terjadi.