Klorokuin adalah obat resep yang dirancang untuk mencegah infeksi malaria dan mengobati kasus yang ada. Terbukti sangat efektif sebagai antimalaria, namun risiko efek sampingnya relatif tinggi dibandingkan dengan obat sejenis. Seorang pasien mungkin mengalami efek samping klorokuin seperti mual, kram, dan muntah dalam beberapa jam setelah memulai pengobatan. Efek samping parah yang mungkin melibatkan kehilangan penglihatan, penyempitan saluran napas, dan pingsan jarang terjadi tetapi dapat mengancam jiwa tanpa perawatan medis segera.
Dokter tidak sepenuhnya yakin bagaimana klorokuin bekerja di dalam tubuh, yang membuatnya sulit untuk memprediksi kemungkinan dan jenis efek samping yang mungkin terjadi. Efek samping klorokuin yang paling umum dilaporkan oleh pasien yang memakai obat untuk mencegah malaria termasuk sakit perut, kram perut, diare, mual, dan muntah. Beberapa orang mengalami sakit kepala, pusing dan kesulitan tidur. Ruam kulit agak gatal yang menyerupai psoriasis juga dapat berkembang.
Ketika klorokuin diambil untuk mengobati infeksi malaria aktif, pasien mungkin mengalami efek samping gastrointestinal. Selain itu, perubahan penglihatan adalah efek samping klorokuin yang cukup umum ketika digunakan sebagai agen pengobatan aktif. Seseorang mungkin memiliki penglihatan yang semakin redup atau melihat kilatan spontan kuning cerah dan merah. Mata bisa menjadi sangat sensitif terhadap sinar matahari dan mengalami kesulitan fokus pada objek di dekatnya. Jarang, kehilangan penglihatan total terjadi yang mungkin atau mungkin tidak reversibel. Masalah penglihatan dapat disertai dengan gangguan pendengaran, vertigo, dan kejang wajah.
Reaksi alergi terhadap klorokuin jarang terjadi, tetapi komplikasinya bisa serius. Dalam beberapa jam dan terkadang beberapa menit setelah mengambil dosis, orang yang alergi dapat mengalami ruam kulit yang meluas yang menyebabkan gatal-gatal yang menyakitkan, terbakar, dan gatal. Saluran udara bisa menjadi menyempit sampai-sampai pernapasan dan menelan menjadi sangat sulit. Jika otak terpengaruh, kebingungan, kejang otot, dan kejang dapat terjadi.
Seorang pasien yang mengalami efek samping klorokuin ringan harus tetap minum obat sesuai petunjuk dan menjadwalkan janji temu dengan dokternya. Seorang dokter dapat melakukan serangkaian tes darah dan pencitraan untuk memeriksa kemungkinan kerusakan ginjal atau hati, dan kemudian mempertimbangkan pilihan pengobatan. Dalam kebanyakan kasus, seorang pasien dapat dengan mudah berhenti minum obat dan memulai pengobatan malaria serupa untuk mengakhiri efek samping klorokuin yang tidak nyaman. Perawatan ruang gawat darurat harus dicari dalam kasus overdosis, reaksi alergi, atau perubahan penglihatan yang parah sehingga dokter dapat memberikan cairan intravena dan obat anti-inflamasi. Diuretik seperti amonium klorida dapat diberikan untuk membantu membersihkan tubuh dari klorokuin.