Isoflavon dikatakan memiliki berbagai manfaat, tetapi mereka juga memiliki beberapa efek samping yang dapat mengganggu dan bahkan berbahaya bagi mereka yang mengonsumsi zat ini. Beberapa efek samping isoflavon kebanyakan menyerang wanita, karena wanita hamil dan mereka yang telah berjuang melawan kanker payudara biasanya paling berisiko mengalami efek negatif. Setiap wanita, bagaimanapun, mungkin akan terpengaruh oleh hot flashes dan penambahan berat badan saat mengambil isoflavon. Pria, di sisi lain, mungkin melihat penurunan libido, infertilitas dan kehilangan memori saat mengambil suplemen isoflavon. Efek samping lain dari isoflavon dapat mempengaruhi wanita dan pria, dengan diare, alergi makanan, dan sakit kepala menjadi beberapa masalah yang paling umum.
Beberapa efek samping khusus untuk wanita, karena isoflavon dapat mempengaruhi keseimbangan hormonal dalam tubuh wanita, yang menyebabkan beberapa konsekuensi negatif. Misalnya, mereka yang memiliki riwayat kanker payudara biasanya tidak dianjurkan mengonsumsi isoflavon karena dapat merangsang sel kanker payudara yang mungkin sudah ada. Isoflavon juga dikatakan mengganggu obat pengobatan kanker payudara, tetapi wanita tanpa riwayat kanker jenis ini biasanya dianggap aman dari kemungkinan efek samping ini. Kekhawatiran tambahan adalah bahwa isoflavon dapat merugikan bayi yang belum lahir, yang membutuhkan keseimbangan hormon tertentu untuk berkembang dengan baik di dalam rahim, jadi wanita hamil biasanya disarankan untuk melewatkan jenis suplemen ini. Setiap wanita rentan terhadap kenaikan berat badan dan hot flash yang bisa datang dengan isoflavon, jadi wanita disarankan untuk memastikan bahwa kemungkinan manfaatnya lebih besar daripada kemungkinan efek sampingnya.
Pria juga mungkin mengalami beberapa efek samping isoflavon yang mungkin tidak didapatkan wanita, karena keduanya biasanya memiliki keseimbangan hormonal yang berbeda. Salah satu efek samping terbesar pada pria adalah penurunan libido, karena peningkatan estrogen dapat menyebabkan penurunan kadar testosteron, yang juga dapat menyebabkan infertilitas. Efek samping tambahan untuk pria mungkin termasuk kelelahan, kehilangan memori dan penurunan fungsi kognitif. Banyak penelitian menunjukkan bahwa wanita tidak mengalami efek samping isoflavon ini, jadi pria harus mengingat hal ini sebelum mengambil zat ini berdasarkan ulasan yang menguntungkan dari wanita.
Beberapa efek samping isoflavon mempengaruhi pria dan wanita. Beberapa orang menjadi sembelit saat mengonsumsi isoflavon kedelai, sementara yang lain mungkin mengalami diare dan sakit perut. Sakit kepala dan sensasi pusing juga merupakan beberapa efek negatif dari isoflavon. Mungkin juga zat ini menyebabkan batu ginjal, alergi makanan, dan masalah tiroid, sehingga orang yang memutuskan untuk mengonsumsi isoflavon disarankan untuk mewaspadai efek samping ini.