Efek samping astaxanthin yang paling sering dilaporkan adalah perubahan pigmen yang tidak berbahaya, seperti warna sedikit oranye pada kulit atau tinja. Bahkan pada dosis tinggi, tidak ada efek toksik yang diamati, baik pada hewan maupun manusia. Efek samping astaxanthin lainnya yang kurang umum memiliki dampak yang lebih besar, dan efek samping seperti tekanan darah rendah dan perubahan kadar hormon dapat memiliki implikasi kesehatan yang serius.
Astaxanthin paling sering digunakan sebagai aditif untuk pakan ternak, dan menambahkan pigmen pada kepiting, udang, lobster dan salmon, memberi mereka warna oranye kemerahan yang familiar. Sebagai suplemen pakan ternak, astaxanthin umumnya diakui aman, menurut Kode Peraturan Federal Amerika Serikat, dan kebanyakan orang dapat mengonsumsi makanan laut yang diberi astaxanthin tanpa reaksi sama sekali. Pada tahun 1999, Administrasi Makanan dan Obat AS membersihkan astaxanthin sebagai bahan makanan untuk konsumsi manusia.
Sebagai suplemen makanan, astaxanthin paling sering digunakan sebagai antioksidan untuk menurunkan kolesterol. Pendukung juga merekomendasikan astaxanthin untuk meningkatkan kesehatan mata dan mengobati sindrom terowongan karpal, radang sendi, cedera otot, keluhan gastrointestinal dan infertilitas pria. Perlu dicatat, bagaimanapun, bahwa tidak ada cukup bukti untuk mendukung salah satu dari klaim ini, dan tidak ada manfaat kesehatan yang terbukti dari suplemen ini.
Efek samping astaxanthin yang umum termasuk peningkatan pigmentasi, pertumbuhan rambut, perubahan kadar hormon dan tekanan darah rendah. Penurunan kadar kalsium, penurunan libido dan pembesaran payudara pada pria juga telah diamati, tetapi efek samping astaxanthin ini lebih jarang. Reaksi alergi juga mungkin terjadi dan bisa sangat berbahaya. Astaxanthin dan makanan yang diberi astaxanthin harus dihindari oleh siapa saja yang diketahui memiliki alergi terhadap zat tersebut.
Interaksi obat adalah masalah serius lainnya. Misalnya, obat tekanan darah mungkin diperkuat oleh astaxanthin dan dapat menyebabkan tekanan darah turun sangat rendah. Perawatan hormon dan pengendalian kelahiran dapat dipengaruhi oleh efek suplemen pada kadar hormon. Reaksi silang serupa telah diamati dengan beberapa antihistamin, dan obat asma mungkin tidak bereaksi dengan baik terhadap astaxanthin. Enzim hati, yang bertanggung jawab untuk mengeluarkan berbagai obat dari darah, juga dapat terpengaruh, mengakibatkan peningkatan kadar obat ini yang tersisa dalam sirkulasi.
Reaksi juga mungkin terjadi dengan suplemen lain dan obat herbal. Saw palmetto, black cohosh, atau obat lain yang memengaruhi hormon mungkin bereaksi tak terduga. Efek samping astaxanthin seperti tekanan darah rendah dan penurunan kadar kalsium dapat diperkuat oleh zat dengan efek serupa. Penggunaan antioksidan karotenoid lain, seperti beta karoten dan likopen, dengan astaxanthin akan mengurangi penyerapan dan tidak dianjurkan.