Biasanya, efek metadon pada bayi diklasifikasikan menurut apakah obat telah digunakan untuk waktu yang singkat, atau telah disalahgunakan secara kronis. Dalam jangka pendek, metadon pada bayi dapat menyebabkan sejumlah masalah kesehatan yang serius, seperti penurunan tekanan darah dan detak jantung. Penyalahgunaan metadon jangka panjang, sebaliknya, lebih sering mempengaruhi berat dan ukuran bayi. Dalam banyak kasus, bayi yang lahir dari ibu yang menyalahgunakan metadon akan sering menderita putus obat setelah lahir. Studi menunjukkan, bagaimanapun, bahwa gejala ini dapat dibalik melalui menyusui.
Dalam banyak kasus, menggunakan metadon sekali saja dapat menyebabkan efek yang sangat serius pada bayi yang belum lahir. Efek langsung metadon pada bayi dapat mencakup tekanan darah yang sangat rendah; penurunan denyut jantung secara substansial; kekeringan pada mata, mulut, dan hidung; peningkatan tekanan intrakranial; dan gejala serupa lainnya. Dalam kebanyakan kasus, efek samping penggunaan metadon pada bayi ini dapat mengancam jiwa, dan memerlukan perawatan medis segera. Selain itu, wanita yang menggunakan metadon bahkan untuk waktu yang singkat dapat mengalami keguguran karena penggunaan obat ini.
Dalam jangka panjang, penggunaan metadon pada bayi dapat menyebabkan kondisi yang sama seriusnya. Penggunaan metadon jangka panjang dapat mengakibatkan penurunan laju pertumbuhan bayi, baik tinggi maupun berat badan. Selain itu, bayi yang lahir dari ibu dengan riwayat penggunaan metadon yang lama seringkali memiliki lingkar kepala yang lebih kecil dari biasanya. Untungnya, efek ini menghilang seiring dengan bertambahnya usia bayi dan menjadi dewasa hingga masa kanak-kanak. Namun, bayi yang lahir dari ibu yang menyalahgunakan metadon umumnya memiliki kapasitas mental yang jauh lebih rendah daripada bayi yang lahir dari ibu yang tidak menggunakan narkoba, dan mungkin mendapat skor lebih rendah baik dalam tes perilaku maupun psikologis.
Bayi yang telah terpapar metadon dalam jumlah tinggi juga sering mengalami putus obat, atau dikenal sebagai sindrom pantang opiat neonatus. Ini adalah kondisi yang mempengaruhi sejumlah sistem dalam tubuh, antara lain sistem pernapasan dan sistem saraf pusat dan otonom. Bayi yang lahir dengan kondisi ini berisiko lebih tinggi mengalami sindrom kematian bayi mendadak, atau SIDS, dibandingkan dengan bayi lain yang lebih sehat. Namun, penelitian telah menemukan bahwa gejala kondisi ini dapat dikurangi melalui menyusui oleh ibu atau ibu pengganti lainnya. Namun, dalam banyak kasus, menyusui mungkin sulit atau bahkan tidak mungkin.