Pendanaan untuk organisasi nirlaba bisa datang dari banyak tempat. Hibah dan kontrak seringkali menyediakan sebagian besar dana organisasi. Biaya klien dan usaha komersial memungkinkan organisasi untuk mendapatkan dana untuk program juga.
Hibah yayasan dan pemerintah sering kali memberikan porsi pendanaan yang signifikan untuk organisasi nirlaba. Instansi sering menyiapkan proposal hibah ketika menerapkan program baru untuk meminta bantuan keuangan dari pemerintah atau yayasan. Jika diberikan hibah, organisasi akan menerima sejumlah uang yang akan dibelanjakan untuk tujuan tertentu berdasarkan proposal dan ditetapkan oleh sumber pendanaan. Perpanjangan hibah mungkin tersedia ketika dana awal telah dibelanjakan.
Kontrak, terutama kontrak pemerintah, merupakan sumber pendanaan umum bagi organisasi nirlaba. Jika lembaga nirlaba menyediakan layanan yang dapat berguna bagi organisasi lain, seperti transportasi untuk penyandang cacat, lembaga tersebut dapat menerima kontrak dari pemerintah atau organisasi lain untuk menyediakan layanan tersebut. Sebuah kontrak umumnya menetapkan jangka waktu dan proses pembayaran. Jenis kontrak yang populer termasuk penggantian biaya, kinerja, dan kontrak perawatan terkelola, dan jenis yang digunakan menentukan perhitungan pembayaran.
Berlawanan dengan kepercayaan populer, organisasi nirlaba dapat menghasilkan keuntungan selama menghabiskan dana untuk menyediakan layanan bagi kliennya. Membebankan biaya klien untuk layanan yang diberikan dapat menjadi sumber pendanaan utama bagi organisasi nirlaba. Bukan hal yang aneh jika biaya klien menutupi sebagian atau seluruh pengeluaran untuk sebuah program. Dalam beberapa kasus, biaya yang dikumpulkan dari program populer dapat menyediakan dana yang cukup untuk menutupi biaya program lain yang dijalankan oleh organisasi juga.
Selain biaya klien, usaha komersial terkadang menyediakan dana untuk organisasi nirlaba. Beberapa badan amal menjual barang untuk mendapatkan uang untuk program mereka. Misalnya, komunitas pensiunan dapat menjual kerajinan yang dibuat oleh penduduk. Untuk menghindari kehilangan status nirlaba bebas pajak, usaha komersial harus berhubungan langsung dengan misi organisasi dan bisnis tidak boleh menjadi terlalu besar. Bagian depan toko online adalah outlet populer untuk usaha komersial organisasi nirlaba karena biayanya kecil untuk diterapkan atau dipelihara.
Perwalian pengingat amal dan program warisan juga menyediakan pendanaan jangka panjang untuk organisasi nirlaba. Dalam perwalian pengingat amal, para donor memberikan saham, obligasi, atau uang tunai kepada sebuah organisasi, menerima pembebasan pajak dan pendapatan yang dijamin seumur hidup. Setelah donor meninggal, organisasi menerima sisa kepercayaan. Demikian pula, program warisan memungkinkan orang untuk meninggalkan sebagian dari aset mereka ke organisasi. Donatur pada dasarnya memasukkan organisasi dalam wasiat mereka, dan organisasi menerima donasi ketika donor meninggal.