Muffin gourmet biasanya lebih besar dari jenis tradisional dan sering dibuat dengan bahan-bahan yang tidak biasa. Muffin gourmet bebas gula dapat dibuat dengan pemanis buatan, sedangkan muffin organik biasanya disiapkan dengan buah-buahan dan biji-bijian organik. Beberapa toko kue khusus menjual muffin gourmet yang diberi label sebagai vegan, dan ini sering disiapkan dengan minyak sayur, bukan mentega. Muffin gourmet bebas gluten dibuat untuk mereka yang tidak bisa mentolerir gandum. Banyak muffin gourmet dibuat dengan topping manis atau beraroma, seperti streusel, kacang cincang atau glasir khusus.
Saat menyiapkan muffin gourmet, banyak pembuat roti akan menggunakan bahan-bahan yang biasanya tidak dipertimbangkan untuk resep tradisional. Misalnya, satu jenis resep muffin gourmet meminta penggunaan air mawar sebagai pengganti air biasa. Selain itu, bahan herbal dapat ditambahkan saat membuat muffin gourmet. Jahe dan allspice adalah dua jenis muffin yang tidak biasa yang sering dianggap eksotis.
Meskipun muffin keping cokelat dianggap sebagai makanan penutup yang umum dan populer, resep gourmet mungkin memerlukan penggunaan cokelat putih atau potongan cokelat hitam. Selain itu, muffin cokelat putih atau hitam dapat menyertakan potongan cokelat serut semi-manis di atasnya. Variasi muffin keping cokelat gourmet mungkin termasuk isian raspberry atau ceri.
Muffin bumbu labu adalah jenis makanan ringan atau makanan penutup gourmet yang sering disajikan saat liburan musim dingin. Bahan-bahan seperti labu kalengan atau segar, allspice, kayu manis dan kacang cincang dapat digunakan untuk resep ini. Beberapa varietas juga diberi es dengan glasir manis.
Muffin gourmet tidak selalu dibuat untuk pencuci mulut. Muffin sarapan juga dapat dibuat dari resep gourmet dan ada beberapa varietas. Dedak gourmet atau muffin gandum dapat dibuat dengan isian buah, atau ditaburi dengan topping madu. Banyak juga muffin sarapan yang dibuat dengan topping remah. Cinnamon swirl gourmet sarapan muffin mungkin termasuk kismis dan pala.
Mereka yang lebih suka muffin vegan, organik, atau bebas gluten dapat menemukan varietas ini di toko-toko khusus dan toko roti. Muffin organik biasanya dibuat dengan buah-buahan organik seperti blueberry, stroberi dan pisang. Meskipun banyak resep meminta penggunaan mentega atau margarin, minyak sayur dapat diganti saat menyiapkan muffin vegan. Individu dengan intoleransi gandum sering lebih memilih muffin bebas gluten yang dijual di toko roti gourmet. Beberapa varietas dibuat dengan beras merah, bukan tepung terigu.
Banyak jenis muffin gourmet atau khusus berukuran jumbo. Ini mungkin termasuk semua varietas rasa buah atau cokelat yang populer, serta muffin makan malam. Rasa gourmet seperti kemiri mentega atau kue wortel adalah beberapa jenis muffin ukuran jumbo yang tidak biasa.