Muffin gandum utuh mencakup berbagai biji-bijian utuh yang berbeda, seperti gandum atau gandum, sementara mengandung tambahan bahan seperti buah, labu yang dihaluskan, cokelat atau kismis. Muffin sarapan yang dibuat dengan biji-bijian biasanya mengandung gandum gulung dan beberapa buah tumbuk, seperti pisang atau stroberi. Berbagai jenis biji-bijian yang digunakan adalah gandum hitam, barley dan sorgum, serta soba, quinoa, dan varietas gandum utuh bebas gluten lainnya. Karena muffin gandum utuh biasanya dianggap sebagai alternatif yang lebih sehat daripada rekan-rekan tepung putihnya, banyak muffin yang dibuat dengan biji-bijian utuh dipromosikan oleh ahli gizi dan dokter karena kandungan seratnya.
Muffin yang terbuat dari biji-bijian utuh seringkali menggunakan tepung gandum utuh sebagai bahan dasar utama, ditambah berbagai bahan seperti buah dan bumbu kering atau segar. Muffin gandum utuh labu biasanya dibuat dengan tepung terigu serta labu yang dihaluskan, kayu manis dan jahe, dan sering disiapkan selama bulan-bulan musim gugur. Muffin labu versi bebas gluten masih dapat menggunakan biji-bijian utuh, menggantikan tepung terigu dengan tepung atau tepung gandum utuh yang bebas gluten. Tepung quinoa dan tepung sorgum adalah dua contoh tepung gandum utuh yang dapat dengan mudah digunakan dalam resep muffin gandum utuh bebas gluten.
Muffin gandum utuh apel juga populer, biasanya berisi irisan apel segar, kayu manis dan pala, serta topping gula merah. Muffin ini dapat disajikan saat minum kopi atau teh, dan juga merupakan produk panggang yang populer dikonsumsi saat sarapan atau di antara waktu makan untuk camilan. Muffin kacang pisang biasanya dibuat dengan biji-bijian, seperti gandum gulung dan tepung gandum utuh, dan sangat umum sebagai muffin sarapan dengan teksturnya yang manis dan mengenyangkan. Lebih sering daripada tidak, sebagian besar muffin gandum tidak mengandung frosting seperti cupcakes dan lebih padat, yang membuatnya sempurna sebagai pengganti makanan.
Muffin blueberry yang dibuat dengan biji-bijian umumnya menggunakan semua tepung gandum utuh, atau tepung gandum bebas gluten, bersama dengan gula merah tua dan blueberry segar atau beku. Jenis muffin ini populer sebagai makanan ringan dan biasanya dibuat di bulan-bulan musim panas yang hangat. Karena biji-bijian utuh mengandung sejumlah besar serat dan nutrisi lainnya, sebagian besar ahli gizi merekomendasikan muffin gandum utuh daripada rekan-rekan tepung putih mereka. Meskipun dianggap lebih sehat, muffin yang dibuat dengan biji-bijian utuh masih bisa mengandung gula dalam jumlah tinggi, sehingga penting untuk mengamati kadar gula dan mengonsumsinya dalam jumlah sedang.