Ada berbagai jenis masalah kelinci percobaan, beberapa di antaranya mungkin cukup serius sehingga memerlukan perawatan dokter hewan. Penyakit gastrointestinal umum terjadi pada kelinci percobaan, seperti halnya mencabuti bulu. Pada beberapa marmot, mutilasi diri dengan mencabuti bulu dan kulit dapat menyebabkan infeksi. Ini mungkin terjadi karena tidak aktif atau bosan, pola makan yang tidak memadai atau kondisi perumahan yang buruk. Masalah babi Guinea juga dapat melibatkan infestasi tungau, yang dapat ditularkan dari satu hewan pengerat ke hewan pengerat lainnya.
Babi Guinea adalah hewan peliharaan rumah biasa, dan meskipun mereka cenderung kuat, mereka rentan terhadap penyakit tertentu. Salah satu masalah kelinci percobaan yang paling umum adalah kembung dan diare. Ini mungkin karena infeksi bakteri atau parasit. Apa pun penyebabnya, diare parah pada kelinci percobaan dapat menyebabkan dehidrasi yang mengancam jiwa. Solusi hidrasi oral diperlukan dalam kasus seperti itu, dan modifikasi diet juga dapat direkomendasikan.
Ketika pola makan marmot berubah secara tiba-tiba, hewan tersebut mungkin akan berhenti makan sama sekali. Masalah babi Guinea yang berhubungan dengan anoreksia juga dapat mengancam jiwa. Kondisi ini tidak biasa pada kelinci percobaan, dan penurunan berat badan yang cepat dapat berakibat fatal jika intervensi tidak dicari. Seorang dokter hewan dapat merekomendasikan tes darah untuk menyingkirkan adanya penyakit.
Tidak jarang masalah kelinci percobaan melibatkan masalah gigi. Babi Guinea dengan gigi geraham yang tumbuh terlalu besar dapat menderita kekurangan nutrisi karena keengganan hewan untuk makan. Dalam kasus seperti itu, dokter hewan mungkin merasa perlu untuk memotong gigi hewan pengerat tersebut. Dokter hewan menggunakan instrumen khusus untuk memeriksa dan memotong gigi seri marmot.
Pemilik hewan peliharaan yang memiliki kelinci percobaan yang lebih tua mungkin melihat bau busuk dari area dubur hewan tersebut. Ini mungkin karena apa yang dikenal sebagai impaksi rektal karena tinja lunak, suatu kondisi yang umum terjadi pada hewan pengerat yang lebih tua. Pembersihan lembut dapat membantu menghilangkan kotoran di sekitar area dubur. Namun, dalam beberapa kasus, marmot mungkin perlu dirawat oleh dokter hewan.
Penyakit pernapasan seperti pneumonia sering terjadi pada marmot yang lebih tua, atau hewan dengan kondisi medis yang sudah ada. Pneumonia bakteri bisa berakibat fatal jika tidak segera diobati. Ketika dua atau lebih marmot ditempatkan dalam satu kandang, infeksi dapat menyebar dengan cepat di antara hewan pengerat. Sangat penting untuk mendisinfeksi kandang dan tempat makan secara teratur untuk mencegah penyebaran penyakit di antara marmot peliharaan.