Makanan penutup Jepang dapat berupa masakan tradisional yang menggunakan buah-buahan lokal, tanaman dan kacang-kacangan, impor asing, atau kombinasi unik dari keduanya. Ada banyak variasi daerah dari makanan penutup Jepang yang dikenal sebagai meibutsu dan juga versi suvenir (omiyage) untuk wisatawan. Makanan penutup tradisional Jepang menggunakan bahan-bahan seperti kacang azuki manis, buah-buahan, kacang-kacangan, dan mochi.
Mochi adalah kue beras ketan yang membentuk elemen utama manisan Jepang. Ini sering disajikan dengan bungkus manisan seperti pasta azuki (daifuku), anko, dan pasta stroberi. Beberapa makanan penutup membumbui mochi dengan rasa seperti bunga sakura (sakura), persik, dan teh hijau. Mochi paling populer di Hari Tahun Baru.
Wagashi adalah jenis makanan penutup berbasis mochi. Tidak ada satu jenis wagashi, melainkan ada puluhan variasi. Mereka dibuat menggunakan buah-buahan, kacang-kacangan, azuki dan mochi. Teh hijau sering disajikan sebagai pelengkap makanan penutup yang manis.
Mochi juga digunakan untuk membuat makanan penutup Jepang yang disebut dango. Dango adalah bola mochi yang ditusuk dan dicelupkan ke dalam bumbu. Festival tradisional dango dicelupkan ke dalam sirup kecap yang disebut shouyu dan disebut mitarashi dango. Jenis dango lainnya adalah bocchan dango yang memiliki satu bola dango biasa, satu bola rasa teh hijau dan satu bola rasa azuki.
Mochi dapat diproduksi dengan cara yang berbeda untuk menghasilkan serangkaian jeli. Ada juga jeli lain yang disebut jeli agar yang digunakan dalam makanan penutup seperti anmitsu dan mitsumame. Jelly cube ini dipadukan dengan bahan-bahan seperti azuki atau anko, irisan buah dan sirup mitsu.
Banyak makanan penutup Jepang adalah twist pada impor asing. Misalnya, castella adalah kue yang mengambil namanya dari wilayah Kastilia di Spanyol, tetapi sebenarnya kue Portugis versi Jepang yang dikenal sebagai Pao-de-lo. Castella adalah kue bolu yang sering dimakan sendiri atau ditaburi gula merah, bubuk teh hijau, atau gula icing/frosting rasa.
Es krim juga merupakan makanan penutup yang populer di Jepang. Satu sesendok vanila dan satu lagi es krim teh hijau sering disajikan bersama kacang azuki dan mochi. Ada juga berbagai es krim bungkus mochi yang tersedia dengan bungkus mochi polos di sekitar es krim vanila, cokelat atau teh hijau, atau mochi rasa di sekitar es krim biasa.
Banyak makanan penutup luar negeri Jepang yang telah melalui proses teh hijau. Ini berarti mengganti satu bahan dengan teh hijau. Misalnya, ada banyak jenis cokelat batangan rasa teh hijau. Ada juga kue castella teh hijau dan bolu lainnya, es krim teh hijau, kue keju, dan tiramisu. Versi serupa juga telah dibuat dengan rasa bunga sakura.
Jepang juga memiliki sejumlah roti manis yang bisa disajikan sebagai makanan penutup. Melonpan terlihat seperti melon, tetapi terbuat dari adonan roti biasa yang dibungkus dengan adonan kue sebelum dipanggang. Ini bisa disajikan polos, dengan kepingan cokelat di dalamnya, isian custard atau dibumbui dengan bahan-bahan seperti bubuk teh hijau dan karamel. Anpan adalah roti manis yang diisi dengan kacang azuki.